原著論文 Refereed papers
2020年
Takehara, S., Sakuraba, S., Mikami, B., Yoshida, H., Yoshimura, H., Itoh, A., Endo, M., Watanabe, N., Nagae, T.,
Matsuoka, M.,
Ueguchi-Tanaka, M.:
A common allosteric mechanism regulates homeostatic inactivation of auxin and gibberellin.
Nat. Commun. 11, 1–10 (2020).
https://doi.org/10.1038/s41467-020-16068-0
Takeda, S., Fujiwara, I., Sugimoto, Y., Oda, T., Narita, A., Maéda, Y.:
Novel inter-domain Ca2+-binding site in the gelsolin superfamily protein fragmin.
J. Muscle Res. Cell Motil. 41, 153–162 (2020).
https://doi.org/10.1007/s10974-019-09571-5
2019年
Fujiwara, S., Matsuo, T., Sugimoto, Y., Shibata, K.:
Segmental Motions of Proteins under Non-native States Evaluated Using Quasielastic Neutron Scattering.
J. Phys. Chem. Lett. 10, 7505–7509 (2019).
https://doi.org/10.1021/acs.jpclett.9b03196
Fujiwara, S., Kono, F., Matsuo, T., Sugimoto, Y., Matsumoto, T., Narita, A., Shibata, K.:
Dynamic Properties of Human α-Synuclein Related to Propensity to Amyloid Fibril Formation.
J. Mol. Biol., 431(17), 3229–3245 (2019).
https://doi.org/10.1016/j.jmb.2019.05.047
Urano,Y., Sugimoto, Y., Tanoue, K., Matsumoto, R., Kawabe, S.,
Ohashi, T., Fujiwara, S.:
The sandwich structure of keratinous layers controls
the form and growth orientation of chicken rhinotheca,
J. Anat., 235, 299-312 (2019).
https://doi.org/10.1111/joa.12998
2018年
Matsuoka, T., Nagae, T., Ode, H.,
Awazu, H., Kurosawa, T., Hamano, A., Matsuoka, K., Imahashi, M., Hachiya, A.,
Yokomaku, Y.,
Watanabe, N., Iwatani, Y.:
Structural basis of chimpanzee APOBEC3H dimerization stabilized by double-stranded RNA,
Nucl. Acids Res., 46, 10368-10379 (2018).
https://doi.org/10.1093/nar/gky676
Nagae, T., Yamada, H. and Watanabe, N. :
High-pressure protein crystal structure analysis of ecDHFR complexed with
folate and NADP+,
Acta Cryst. D, 74, 895-905 (2018).
https://doi.org/10.1107/S2059798318009397
Ohmae, E., Hamajima, Y., Nagae, T., Watanabe, N., Kato, C.:
Similar structural stabilities of 3-isopropylmalate dehydrogenases from the obligatory piezophilic bacterium
Shewanella benthicastrain DB21MT-2 and its atmospheric congener S. oneidensis strain MR-1,
BBA - Proteins Proteomics, 1866, 680-691 (2018).
https://doi.org/10.1016/j.bbapap.2018.04.001
2017年
Nakashima, M., Tsuzuki, S., Awazu, H., Hamano, A.,
Okada, A., Ode, H., Maejima, M., Hachiya, A., Yokomaku, Y., Watanabe, N., Akari, H. and Iwatani, Y.:
Mapping Region of Human Restriction Factor APOBEC3H Critical for Interaction with HIV-1 Vif,
J. Mol. Biol., 429(8), 1262-1276 (2017).
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2017.03.019
Kihara, T., Sugimoto, Y., Shinohara, S., Takaoka S. and Miyake, J.:
Cysteine-rich protein 2 accelerates actin filament cluster formation,
PLoS ONE 12(8): e0183085 (2017).
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0183085
Watanabe, N., Nagae, T., Yamada, Y., Tomita, A., Matsugaki, N. and Tabuchi, M.:
Protein crystallography beamline (BL2S1) at the Aichi synchrotron,
J. Synchrotron Rad., 24(1), 338-343 (2017).
https://doi.org/10.1107/S1600577516018579
Maki, Y., Furusawa, K., Dobashi, T., Sugimoto, Y. and Wakabayashi, K.:
Small-angle X-ray and light scattering analysis of multi-layered Curdlan gels prepared by a diffusion method,
Carbohydr Polym., 155, 136-145 (2017).
https://dx.doi.org/10.1016/j.carbpol.2016.08.061
2016年
Hamajima, Y., Nagae, T., Watanabe, N., Ohmae, E., Kato-Yamada,
Y. and Kato, C.:
Pressure adaptation of 3-isopropylmalate dehydrogenase
from an extremely piezophilic bacterium is attributed to a single amino acid
substitution,
Extremophiles 20(2), 177-186 (2016).
http://dx.doi.org/10.1007/s00792-016-0811-4
Nakashima, M., Ode, H., Suzuki, K.,
Fujino, M., Maejima, M., Kimura, Y., Masaoka, T., Hattori, J.,
Matsuda, M., Hachiya, A., Yokomaku, Y., Suzuki, A., Watanabe, N.,
Sugiura, W. and Iwatani, Y.:
Unique Flap Conformation in an HIV-1 Protease
with High-level Darunavir Resistance and the I50V Mutation,
Front. Microbiol. 7, 61 (2016).
http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2016.00061
Nakashima, M.,
Ode, H., Kawamura, T., Kitamura, S., Naganawa,
Y., Awazu, H., Tsuzuki, S., Matsuoka, K.,
Nemoto M., Hachiya, A., Sugiura, W., Yokomaku, Y., Watanabe N. and Iwatani, Y.:
Structural
Insights into HIV-1 Vif-APOBEC3F Interaction,
J. Virology, 90(2), 1034-1047 (2016).
http://dx.doi.org/10.1128/JVI.02369-15
2015年
Koiwai, K., Kubota, T.,
Watanabe, N., Hori, K., Koiwai, O. and Masai, H.:
Definition of the transcription factor TdIF1 consensus binding sequence through
genome-wide mapping of its binding sites,
Genes to Cells, 20(3), 242-254
(2015).
http://dx.doi.org/10.1111/gtc.12216
Yamada, H., Nagae, T., Watanabe, N.:
High-pressure protein crystallography of hen egg-white lysozyme,
Acta Cryst ., D71(4), 742-753 (2015).
http://dx.doi.org/10.1107/S1399004715000292
Kawamura, T., Kobayashi, T., Watanabe, N.:
Analysis of the HindIII-catalyzed reaction by time-resolved crystallography,
Acta Cryst ., D71(2), 256-265 (2015).
http://dx.doi.org/10.1107/S1399004714025188
2014年
Chaurasiya K. R., McCauley, M. J., Wang, W., Qualley, D. F., Wu,
T., Kitamura, S., Geertsema, H., Chan, D. S., Hertz, A., Iwatani, Y., Levin, J.
G., Musier-Forsyth, K., Rouzina, I., Williams, M. C.:
Oligomerization
transforms human APOBEC3G from an efficient enzyme to a slowly dissociating
nucleic acid-binding protein,
Nat Chem. 6, 28-33
(2014)
http://dx.doi.org/10.1107/S0909049513022188
2013年
Sakabe, N., Sakabe, K., Ohsawa, S., Sakai, T., Kobayakawa, H., Sugimura, T.,
Ikeda, M., Tawada, M., Watanabe, N., Sasaki, K. and Wakatsuki,
M.:
U-shape rotating anti-cathode compact X-ray generator:20 times stronger
than the commercially available X-ray source,
J. Synchrotron Rad., 20(6),
829-833 (2013)
http://dx.doi.org/10.1107/S0909049513022188
Chavas, LMG,
Nagae, T., Yamada, H., Watanabe, N.,
Yamada, Y., Hiraki, M. and Matsugaki, N.:
New methodologies at PF AR-NW12A:
implementation of high-pressure macromolecular crystallography,
J.
Synchrotron Rad., 20(6), 838-842 (2013)
http://dx.doi.org/10.1107/S0909049513020797
Hayashi, T., Tanaka, Y.,
Sakai, N., Okada, U., Yao, M., Watanabe, N., Tamura, T. and
Tanaka, I.:
SCO4008, a putative TetR transcriptional repressor from
Streptomyces coelicolor A3(2), regulates transcription of sco4007 by multidrug
recognition,
J. Mol. Biol., 425(18), 3289-3300 (2013)
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2013.06.013
Kubota, T., Koiwai, O., Hori, K., Watanabe, N.
and Koiwai, K.:
TdIF1 Recognizes a Specific DNA Sequence through Its
Helix-Turn-Helix and AT-Hook Motifs to Regulate Gene
Transcription.
PLOS ONE, 8(7), e66710 (2013)
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0066710
Hayashi, T., Tanaka, Y., Sakai, N., Watanabe, N., Tamura,
T., Tanaka, I. and Yao, M.:
Structural and genomic DNA analysis of a putative
transcription factor SCO5550 from Streptomyces coelicolor A3(2): regulating the
expression of gene sco5551 as a transcriptional activator with a novel dimer
shape.
Biochem. Biophys. Res. Commun., 435(1),
28-33 (2013)
http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2013.04.017
2012年
Oshima, K., Sugimoto, Y., Irving, T.C., Wakabayashi, K.:
Head-Head Interactions of Resting Myosin Crossbridges in Intact Frog Skeletal Muscles, Revealed by Synchrotron X-Ray Fiber Diffraction.
PLoS ONE, 7(12), e52421 (2012)
http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0052421
Fujihashi,
M., Hiraki, M., Ueno, G., Baba, S., Murakami, H., Suzuki, M., Watanabe,
N., Tanaka, I., Nakagawa, A., Wakatsuki, S., Yamamoto, M. and Miki,
K.:
Crystal-sample pins and a storage cassette system compatible with the
protein crystallography beamlines at both the Photon Factory and
SPring-8.
J. Appl. Cryst., 45(6), 1156-1161
(2012)
http://dx.doi.org/10.1107/S002188981203734X
Kitamura
S., Ode H., Nakashima M., Imahashi M., Naganawa Y.,
Kurosawa T., Yokomaku Y., Yamane T., Watanabe
N., Suzuki A., Sugiura W., Iwatani Y.:
The APOBEC3C crystal
structure and the interface for HIV-1 Vif binding.
Nat Struct
Mol Biol. 19. 1005-1010 (2012)
http://dx.doi.org/10.1038/nsmb.2378
Ode, H.,
Nakashima, M., Kitamura, S., Sugiura, W.,
Sato, H.:
Molecular dynamics simulation in virus research.
Front.Microbiol. 3, 258 (2012)
http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2012.00258
Goddard-Borger,
ED., Sakaguchi, K., Reitinger, S., Watanabe, N., Ito, M. and
Withers, SG.:
Mechanistic Insights into the 1,3-Xylanases: Useful Enzymes for
Manipulation of Algal Biomass,
J. Am. Chem. Soc.,
134(8), 3895-3902 (2012).
http://dx.doi.org/10.1021/ja211836t
Imahashi, M.,
Nakashima, M., Iwatani, Y.:
Antiviral mechanism and
biochemical basis of the human APOBEC3
family
Front.Microbiol. 3, 250 (2012)
http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2012.00250
Nagae,
T., Kawamura, T., Chavas, LMG., Niwa, K., Hasegawa,
M., Kato, C. and Watanabe, N.:
High-pressure-induced water
penetration into 3-isopropylmalate dehydrogenase,
Acta
Cryst ., D68(3), 300-309 (2012).
http://dx.doi.org/10.1107/S0907444912001862
Nagae,
T., Kato, C. and Watanabe, N.:
Structural analysis
of 3-isopropylmalate dehydrogenase from the obligate piezophile Shewanella
benthica DB21MT-2 and the nonpiezophile Shewanella oneidensis
MR-1,
Acta Cryst ., F68(3), 265-268 (2012).
http://dx.doi.org/10.1107/S1744309112001443
2011年
Kouno,
T., Watanabe, N., Sakai, N., Nakamura, T., Nabeshima, Y.,
Morita, M., Mizuguchi, M., Aizawa, T., Demura, M., Imanaka, T., Tanaka, I. and
Kawano, K.:
The structure of Physarum polycephalum hemagglutinin I suggests
a minimal carbohydrate recognition domain of lectin fold,
J.
Mol. Biol., 405(2), 560-569 (2011)
http://dx.doi.org/10.1016/j.jmb.2010.11.024
Kitamura,
S., Ode, H., Iwatani, Y.:
Structural features of antiviral APOBEC3
proteins are linked to their functional activities.
Front.
Microbiol. 2, 258 (2011).
http://dx.doi.org/10.3389/fmicb.2011.00258
Oshima, K., Sugimoto, Y., Wakabayashi, K..:
Deduction of the single filament transforms from partially
sampled layer lines in the X-ray diffraction pattern from vertebrate striated
muscles,
J. Appl. Cryst., 44, 398-408 (2011).
http://dx.doi.org/10.1107/S0021889811006455
Maki, Y., Ito, K., Hosoya, N., Yoneyama, C., Furusawa, K., Yamamoto, T., Dobashi,T., Sugimoto, Y.,
Wakabayashi, K.:
Anisotropic structure of calcium-induced alginate gels by
optical and small-angle X-ray scattering
measurements,
Biomacromolecules, 12,
2145-2152 (2011).
http://dx.doi.org/10.1021/bm200223p
Kihara, T., Shinohara, S., Fujikawa, R., Sugimoto,Y.,
Murata, M., Miyake, J.:
Regulation of cysteine-rich protein 2
localization by the development of actin fibers during smooth muscle cell
differentiation,
Biochem. Biophys. Res. Comm., 411, 96-101
(2011).
http://dx.doi.org/10.1016/j.bbrc.2011.06.100
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解説記事・総説 Review papers
2017年
槇靖幸,古澤和也,土橋敏明,杉本泰伸,若林克三:
拡散により形成される異方性バイオゲルのX線小角散乱による分子配向特性解析,
放射光, 30(6), 252-261 (2017).
渡邉信久,山田裕之,永江峰幸:
高圧蛋白質X線結晶構造解析法,
高圧力学会誌(高圧力の科学と技術),27(1), 18-25 (2017).
http://doi.org/10.4131/jshpreview.27.18
報道・受賞等News Reports and Award
2019年4月
当研究室と名古屋大学環境学研究科,名古屋大学博物館、福岡大学,神奈川県立生命の星・地球博物館,福井県立大学,および北九州市立自然史・歴史博物館の共同研究の成果がプレスリリースされました.
『トリのクチバシの角質はサンドイッチ構造 〜三層構造から予想されるクチバシの成長モデル』
2018年7月
松岡達矢さん(博士前期課程2年)が平成30年度日本レトロウィルス研究会で
若手プレゼンテーション賞を受賞
しました.
2016年2月
当研究室と海洋開発研究機構,広島大学の共同研究の成果がプレスリリースされました.
水深1万メートルの深海で発見された絶対好圧菌が有する酵素の耐圧メカニズムを解明しました.
『マリアナ海溝の底に生きる深海生物の酵素タンパク質の耐圧性のメカニズムを解明』
2016年1月
中島雅晶さんが第3回将来を見据えた生体分子の構造・機能解析から分子設計に関する研究会でポスター賞を受賞しました.
2013年11月
中島雅晶さんが第27回日本エイズ学会学術集会で優秀演題賞を受賞しました.
2013年10月
永江峰幸さんが平成25年度日本結晶学会年会でポスター賞を受賞しました.
2013年8月
河村高志さんが International Conference on Structural Genomics 2013
-Structural Life Science- でポスター賞を受賞しました.
2013年6月
北村紳悟さんが名古屋大学学術奨励賞を受賞しました.
2013年3月
黒沢哲平さんが学士論文発表会で優秀賞を受賞しました.
2012年3月
中島雅晶さんが日本化学会東海支部長賞を受賞しました.
2012年11月
北村紳悟さんが第60回日本ウイルス学会学術集会でポスター賞を受賞しました.
2012年9月30日 The
Japan Times On line
『Map of key target brings hope of blocking HIV
attack』
2012年9月29日 日本経済新聞 朝刊 38面
『HIV増殖を抑えるタンパク質 分子構造を解明 名大など新薬に道』
2012年9月24日 中日新聞 朝刊 3面
『HIV増殖抑制へ一歩 タンパク質の「くぼみ」発見 名古屋医療センターなど 新薬開発に期待』
2012年9月24日 朝日新聞 朝刊 30面
『HIVの攻撃目標解明 増殖抑える治療薬に道』
2012年9月24日 読売新聞 朝刊 28面
『HIV増殖を抑制 たんぱく質の構造解明 名古屋医療センターなど』
2012年9月24日 東京新聞 朝刊 22面
『HIVの増殖に関係 タンパク質の構造解明 名大院生ら発表 新薬に期待』
2012年9月24日 時事通信(時事ドットコム)ほか
『免疫無効にする「くぼみ」発見=エイズ新薬に期待−名古屋医療センター』
2012年6月26日
米国科学振興協会(AAAS)
米国物理学協会(AIP)のニュースリリース に取り上げられました
『Delving into the molecular mechanism behind deep-sea bacteria's
pressure tolerance』