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業績Publications and Presentations

Last update Jan. 2022

2021, 2020, 2019, 2018, 2017, 2016, 2015, 2014, 2013- (年度/Japanese academic year)

プレプリント(Preprint)

Shimizu, K., Kikkawa, M., Tabata, R., Kurihara, D., Kurotani, K., Honda, H., Notaguchi, M.: Quantitative Analysis of Plasmodesmata Permeability using Cultured Tobacco BY-2 Cells Entrapped in Microfluidic Chips, bioRxiv, doi: https://doi.org/10.1101/2021.02.19.431975

2021

原著論文(Original Papers)


16. Hagawa, H., Imai, K., Gao, Z., Taniguchi, M., Shimizu, K., Honda, H.: Selective concentration of antimicrobial peptides to heat-treated porous silica gel using adsorption / desorption, Journal of Bioscience and Bioengineering, Accepted


15. Kinoshita, R., Kozaki, I., Shimizu, K., Shibata, T., Ochiai, A., Honda, H.:Agonist/antagonist activity of oxytocin variants obtained from free cyclic peptide libraries generated via amino acid substitution,ACS Omega, Accepted


14. Imai, K., Takeuchi, Y., Shimizu, K., Honda, H.:In silico screening of a bile acid micelle disruption peptide for oral consumption from edible peptide database, Foods, Accepted


13.
Mizukami, Y., Takahashi, Y., Shimizu, K., Konishi, S., Takakura, Y., Nishikawa, M.: Calcium peroxide-containing polydimethylsiloxane-based microwells for inhibiting cell death in spheroids through improved oxygen supply, Biological and Pharmaceutical Bulletin, 44(10): 1458-1464 (2021)

12.
Shimazawa, Y., Kusamori, K., Tsujimura, M., Shimomura, A., Takasaki, R., Takayama, Y., Shimizu, K., Konishi, S., Nishikawa, M.:Intravenous injection of mesenchymal stem cell spheroids for efficient pulmonary delivery and prolonged in vivo survival, Biotechnology Journal, Accepted

11.
Imai, K., Shimizu, K., Honda, H.: Machine learning screening of bile acid-binding peptides in a peptide database derived from food proteins, Scientific Reports, 11: 16123 (2021)


10.
Kirihara, Y., Miyata, H., Peng, Z., Shimba, K., Miyamoto, Y., Shimizu, K., Honda, H., Yagi, T.: Effect of Magnetic Nanoparticle Internalization on Cell Density in Skeletal Muscle Tissue, IEEJ Transactions on Electrical and Electronic Engineering, 141(7):795-801 (2021)

9.
Fujita, H., Horie, M., Shimizu, K., Nagamori, E.: Microarray profiling of gene expression in C2C12 myotubes trained by electric pulse stimulation, Journal of Bioscience and Bioengineering, Accepted

8.
Ishihara, M., Kikkawa, M., Shimizu, K., Suzuki, H.., Honda, H.: Simple Stain-free Screening Method for Pectinolysis Microorganisms under Alkalophilic Condition, Biotechnology letters, 43: 1905-1911 (2021)

7.
Yamamoto, K., Yamaoka, N., Imaizumi, Y., Nagashima, T., Furutani, T.,
Ito, T., Okada, Y., Honda, H., Shimizu, K.: Development of a Human Neuromuscular Tissue-on-a-Chip Model on a 24-Well-Plate-Format Compartmentalized Microfluidic Device , Lab on a Chip, 21: 1897-1907 (2021)
Selected as a back cover image

6.
Dau, VT., Vu, TH., Tran, CD., Nguyen, TV., Nguyen, TK., Dinh, T., Phan, HP., Shimizu, K., Nguyen, NT., Dao, DV.: Electrospray propelled by ionic wind in a bipolar system for direct delivery of charge reduced nanoparticles, Applied Physics Express, Accepted

5.
Yoshioka, K., Yamashita, H., Shimizu, K., Shimomura, S., Shibata, T., Miyazaki, J., Honda, H.: Screening of a novel free fatty acid receptor 1 (FFAR1) agonist peptide by phage display and machine learning based-amino acid substitution, Biochemical and Biophysical Research Communications, 550(23): 177-183 (2021)


4.
吉岡慶太郎、山下春来、藤谷将也、加藤竜司、清水一憲、本多裕之:分子構造相同性解析を用いた脂肪酸受容体活性化ペプチドの探索、化学工学論文集、Accepted
Yoshioka, K., Yamashita, H., Fujitani, M., Kato, R., Shimizu, K., Honda, H.: Screening of FFAR1 activating peptide by molecular structure analysis, Kagaku kogaku ronbunshu, Accepted

3.
Yoshioka, K., Ito, A., Arifuzzaman, Md., Yoshigai, T., Fan, F., Sato, K., Shimizu, K., Kawabe, Y., Kamihira, M. : Miniaturized skeletal muscle tissue fabrication for measuring contractile activity, Journal of Bioscience and Bioengineering, 131(4): 434-441 (2021)

2.
Kozaki, I., Suzuki, T., You, S-C., Shimizu, K., Honda, H.: Increasing the activity of cell adherent cyclic NGR peptides by optimizing the peptide length and amino acid character, Journal of Peptide Science, 27: e3287 (2021)


1.
Fuwa H, Hemmi H, Kaweewan I, Kozaki I, Honda H, Kodani S.: Heterologous production of new lasso peptide koreensin based on genome mining. The Journal of Antibiotics, 74: 42-50 (2021)

総説・解説(Review)

著書(Books)

発表(Presentations)2021.4-2022.3
 Date Presenter  Authors   Title Conference
Apr/2021 Kazunori SHIMIZU
Oral
依頼講演
Kazunori SHIMIZU Development of in vitro human skeletal muscle models using microfabricated devices 2021 KSBB Spring Meeting and International Symposium
Jul/2021 亀井雄平
口頭
亀井雄平、山本一貴、秋山裕和、本多裕之、清水一憲
Developing compartmentalized three-dimensional co-culture microdievice for neuromuscular disease model 生物工学若手研究者の集い 夏のオンラインセミナー2021
Sep/2021 羽川瞳
ポスター
羽川瞳、今井健人、高紫維、谷口正之、秋山裕和、清水一憲、本多裕之 焼成多孔性シリカゲルを用いた米タンパク質加水分解物からの生理活性ペプチドの濃縮 化学工学会第52回秋季大会(オンライン)
本多裕之
口頭
今井健人、竹内友里、清水一憲、本多裕之 経口摂取を志向した貯蔵タンパク質由来生理活性ペプチドの機械学習による探索 化学工学会第52回秋季大会(オンライン)
Oct/2021 竹内友里
ビデオ発表
大会トピックスに選定
次世代アニマルセルインダストリー研究部会 最優秀学生発表賞(修士の部)
竹内友里、池田彩、清水一憲、本多裕之 細胞評価及び動物行動試験評価を用いた新規塩味ペプチドの発見 第73回日本生物工学会大会(オンライン)
  水谷嶺太
ビデオ発表
水谷嶺太、森陽子、田添佳歩、小川翔大、清水一憲、本多裕之 蛍光標識ペプチドアレイを用いたプロテアーゼ切断特異性予測モデルの構築 第73回日本生物工学会大会(オンライン)
  山本一貴
ビデオ発表
山本一貴、樋口昌也、秋山裕和、本多裕之、清水一憲 収縮力測定可能なマイクロデバイス上での神経筋オルガノイドの構築 第73回日本生物工学会大会(オンライン)
  亀井雄平
ビデオ発表
亀井雄平、山本一貴、秋山裕和、本多裕之、清水一憲 マイクロデバイス上での区画化ヒト神経筋組織モデルの構築 第73回日本生物工学会大会(オンライン)
  清水一憲
ビデオ発表
山本一貴、大隅早紀、長島拓則、秋山裕和、本多裕之、清水一憲 96ウェル型培養筋組織収縮力評価系を用いた抗筋萎縮ペプチドの探索 第73回日本生物工学会大会(オンライン)
  木下怜美
ビデオ発表
木下怜実、吉岡慶太郎、小﨑一功、柴田貴広、清水一憲、本多裕之 環状ペプチド探索系によるオキシトシン置換体の機能解析 第73回日本生物工学会大会(オンライン)
  竹内友里
口頭発表
竹内友里、今井健人、秋山裕和、清水一憲、本多裕之 コレステロール低下を目的としたギンナン由来生理活性ペプチドの探索 第52回 中部化学関係学協会支部連合秋季大会(オンライン)
 Nov/2021 Kazunori SHIMIZU
Oral
Shimizu, K., Yamamoto, K., Kamei, Y., Akiyama, H., Honda, H. Human Neuromuscular Tissue Models Fabricated on a 24-Well-Plate-Format Compartmentalized Microfluidic Device Young Asian Biological Engineers' Community (YABEC 2022)(online)
Dec 清水一憲
口頭発表
清水一憲、山本一貴、大隅早紀、長島拓則、秋山裕和、本多裕之 96穴型培養筋モデル収縮力評価系を用いた抗筋萎縮ペプチドの開発 第7回日本筋学会学術集会 (京都大学/オンライン)
Jan/2022 山本一貴
ポスター
山本一貴、樋口昌也、松島歩夢、秋山裕和、本多裕之、清水一憲 山本一貴、樋口昌也、松島歩夢、秋山裕和、本多裕之、清水一憲 Symposium on New Technology for Cell-based Drug Assay (細胞アッセイ技術の現状と将来)
  亀井雄平
ポスター
亀井雄平、山本一貴、秋山裕和、本多裕之、清水一憲 神経筋疾患解析や創薬応用に向けた区画化三次元ヒト神経筋組織モデルの構築 Symposium on New Technology for Cell-based Drug Assay (細胞アッセイ技術の現状と将来)
Mar 清水一憲
口頭
依頼講演
清水一憲 マイクロデバイス技術を用いた培養骨格筋組織の構築と利用 2022年電気化学会第89回大会(大阪府立大学/オンライン)
  清水一憲
口頭
依頼講演
清水一憲 マイクロデバイスを用いたin vitro三次元筋組織モデルの開発と応用 第21回日本再生医療学会総会(オンライン)
         
         
         
         
         

その他
報道 世界初!血糖値の安定化に安定化に寄与する天然ペプチドの発見 日本の研究.com 2021年4月1日
新聞報道 血糖値の安定化の天然ペプチド発見 名大 安全な健康食品開発に寄与 健康産業流通新聞 9面、2021年4月8日
プレスリリース 運動ニューロンからの信号で動く筋組織を再現
~ALS などの神経筋疾患の治療法開発に期待~
名古屋大学ホームページ 2021年4月23日
報道 運動ニューロンからの信号で動く筋組織を再現
~ALS などの神経筋疾患の治療法開発に期待~
日本の研究.com 2021年4月23日
Journal Cover   Lab on a Chip 21, 1897 (2021)
報道 ギンナン由来の新ペプチド 名大学院 健康産業流通新聞 7面、2021年9月23日
プレスリリース インシリコ探索で銀杏タンパク質から生理活性ペプチドを発見 名古屋大学ホームページ 2021年10月28日
報道 インシリコ探索で銀杏タンパク質から生理活性ペプチドを発見 日本の研究.com 2021年10月29日
プレスリリース 愛情ホルモンで知られる「オキシトシン」の新規アンタゴニストを発見 ~新規の早産治療薬開発やオキシトシンの進化・構造解明に期待~ 名古屋大学ホームページ 2021年11月16日
報道 愛情ホルモンで知られる「オキシトシン」の新規アンタゴニストを発見 ~新規の早産治療薬開発やオキシトシンの進化・構造解明に期待~ 日本の研究.com 2021年11月17日
プレスリリース 食品や化粧品業界の素材開発に新材料! 独自開発の「高温焼成シリカゲル」で、抗菌ペプチド見つかる 名古屋大学ホームページ 2021年12月1日
報道 食品や化粧品業界の素材開発に新材料! 独自開発の「高温焼成シリカゲル」で、抗菌ペプチド見つかる 日本の研究.com 2021年12月2日
報道 スター素材「ペプチド」を、特殊シリカゲルでキャッチ
https://anchor.fm/nu-research-frontline/episodes/39---e1cptpb
名大研究フロントライン 2022年1月11日
       

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2020

原著論文(Original Papers)

12.
Okada, M., Kozaki, I., Honda, H.: Antidepressive effect of an inward rectifier K+ channel blocker peptide, tertiapin-RQ, PLoS ONE, 15(11), e0233815 (2020)

11.
Nagashima, T., Hadiwidjaja, S., Ohsumi, S., Murata, A., Hisada, T., Kato, R., Okada, Y., Honda, H., Shimizu, K.: In vitro model of human skeletal muscle tissues with contractility fabricated by immortalized human myogenic cells, Advanced Biosystems, 4: 2000121 (2020)

10.
Chowdhury AD, Nasrin F, Gangopadhyay R, Ganganboina AB, Takemura K, Kozaki I, Honda H, Hara T, Abe F, Park S, Suzuki T, Park EY.: Controlling distance, size and concentration of nanoconjugates for optimized LSPR based biosensors. Biosensor and Bioelectronics, 170(15): 112657 (2020)

9.
Yamashita, H., Fujitani, M., Shimizu, K., Kanie, K., Kato, R., Honda, H.: Machine learning-based amino-acid substitution of short peptides: Acquisition of peptides with enhanced inhibitory activities against α-amylase and α-glucosidase, ACS Biometerials Science & Engineering, 6: 6117-6125 (2020)


8.
Nasrin F, Chowdhury AD, Takemura K, Kozaki I, Honda H, Adegoke O, Park EY.: Fluorometric virus detection platform using quantum dots-gold nanocomposites optimizing the linker length variation. Analytica Chimica Acta, 1109:148-157 (2020)

7.
Ito, M., Shimizu, K., Honda, H.: Bile acid micelle disruption activity of short-chain peptides from tryptic hydrolysate of edible proteins, Journal of Bioscience and Bioengineering, 130(5): 514-519 (2020)

6.
Mizukami, Y., Moriya, A., Takahashi, Y., Shimizu, K., Konishi, S., Takakura, Y., Nishikawa, M.: Incorporation of gelatin microspheres into HepG2 human hepatocyte spheroids for functional improvement through improved oxygen supply to spheroid core, Biological Pharmaceutical Bulletin, 43(8): 1220-1225 (2020)

5.
Ding, R., Horie, M., Nagasaka, S., Ohsumi, S., Shimizu, K., Honda, H., Nagamori, E., Fujita, H., Kawamoto, T.: Effect of cell-extracellular matrix interaction on myogenic characteristics and artificial skeletal muscle tissue, Journal of Bioscience and Bioengineering, 130(1): 98-105 (2020)

4.
Kato, S., Ando, M., Honda, H., Yoshida, Y., Imaizumi, T., Yamamoto, N., Maruyama, S.: Effectiveness of Lifestyle Intervention Using the Internet of Things System for Individuals with Early Type 2 Diabetes Mellitus, Internal Medicine, 59(1): 45-53 (2020)

3.
Taniguchi, Y., Oyama, N., Fumoto, S., Kinoshita, H.,Yamashita, F., Shimizu, K., Hashida, M., Kawakami, S.: Tissue suction-mediated gene transfer to the beating heart in mice, PLoS ONE, 2020 Feb 6;15(2):e0228203.

2.
Shimizu, K., Ohsumi, S., Kishida, T., Mazda, O., Honda, H.: Fabrication of Contractile Skeletal Muscle Tissues Using Directly Converted Myoblasts from Human Fibroblasts, Journal of Bioscience and Bioengineering,129(5): 632-637 (2020)


1.
Kozaki, I., Shimizu, K., Honda, H.: Disulfide linked hetero dimeric peptide arrays for screening functional peptides inside cells, Journal of Bioscience and Bioengineering, 129(5): 613-618 (2020)


総説・解説(Review)
清水一憲、、小﨑一功、本多裕之 細胞内機能性短鎖ペプチドの探索技術 材料の科学と工学 2: 164-167 (2020)
栗本昌樹、清水一憲、越智浩、阿部文明、本多裕之 光切断ペプチドアレイと質量分析を用いたプロテアーゼ加水分解部位評価法(Pep-MS assay)の開発 生物工学会誌 99(2): 71 (2021)
清水一憲 微細加工デバイスを用いた培養骨格筋細胞の機能発現と評価に関する研究 生物工学会誌 99(3): 122-128 (2021)

著書(Books)

発表(Presentations)2020.4-2021.3
 Date Presenter  Authors   Title Conference
Aug/2020 清水一憲
依頼講演
清水一憲 神経組織チップによる生体夾雑系の再構築と疾患創薬研究への応用 分子夾雑の生命化学オンラインセミナー(オンライン)
Sep/2020 清水一憲
受賞講演
清水一憲 微細加工デバイスを用いた培養骨格筋細胞の機能発現と評価に関する研究 生物工学webシンポジウム2020(オンライン)
清水一憲
oral
清水一憲 骨格筋のin vitro評価系の潮流~2Dから3D、マウス由来からヒト由来へ~ 生物工学webシンポジウム2020(オンライン)
 Sep/2020 山本一貴
poster
山本一貴、清水一憲、山岡奈央、長島拓則、今泉裕、古谷太樹、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之 神経筋疾患の解析のためのマイクロデバイスを用いた三次元神経筋組織の構築 第27回HAB研究機構学術年会(オンライン)
Oct/2020 清水一憲
依頼講演
清水一憲 神経筋疾患研究のための共培養デバイスの開発 新学術領域「分子夾雑化学」東海地区シンポジウム(名工大・オンライン)
Nov/2020 伊藤雅子
口頭
伊藤雅子、清水一憲、本多裕之 胆汁酸ミセル崩壊活性を有する短鎖機能性ペプチド 日本生物工学会西日本支部大会(第5回講演会)(岡山理科大学)
Nov/2020 木下怜実
口頭
優秀発表賞
木下怜実、小﨑一功、清水一憲、本多裕之 環状ペプチドアレイを用いたオキシトシン置換体の合成と配列機能解析 生物工学若手研究者の集い 第三回オンラインセミナー
Dec/2020 葛西晴郎
口頭・ポスター
Student's Award候補に選出
葛西晴郎、長島拓則、古谷太樹、前川忠儀、山岡奈央、本多裕之、清水一憲 骨格筋細胞の配向制御によるアセチルコリン受容体の凝集促進 第6回日本筋学会学術集会(オンライン)
  清水一憲
口頭
依頼講演
清水一憲 In vitro筋組織モデルの収縮力評価ツールの開発 第6回日本筋学会学術集会(オンライン)
Jan/2021 清水一憲
poster
清水一憲、大隅早紀、長島拓則、Stacy Hadiwidjaja、村田朱里、久田拓海、加藤竜司、岡田洋平、本多裕之 ヒト不死化骨格筋細胞を用いた筋萎縮組織モデルの構築とフェノタイプスクリーニングへの応用 シンポジウム:細胞アッセイ技術の現状と将来(オンライン)
Mar/2021 山本一貴
poster
山本一貴、山岡奈央、長島拓則、今泉裕、古谷太樹、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之、清水一憲 神経筋疾患解明に向けたヒト運動神経細胞と骨格筋細胞の区画化三次元共培養デバイスの開発 第20回日本再生医療学会総会(オンライン)
Mar/2021 吉岡慶太郎
口頭
吉岡慶太郎、清水一憲、下村沙也子、柴田貴広、本多裕之 ファージディスプレイと機械学習配列置換を用いた遊離脂肪酸受容体(FFAR1)に作用する
新規ペプチドの探索
日本化学会第101春季年会(2021)(オンライン)
Mar/2021 森陽子
poster
 森陽子、清水一憲、田添佳歩、小川翔大、本多裕之 ペプチドアレイを用いた多変量解析によるプロテアーゼ切断部位予測 化学工学会第86年会(オンライン)
Mar/2021 村田朱里
poster
村田朱里、本多裕之、清水一憲 培養運動筋モデルを用いた細胞外小胞の分泌特性評価 化学工学会第86年会(オンライン)
Mar/2021 葛西晴郎
poster
葛西晴郎、長島拓則、古谷太樹、山本一貴、前川忠儀、山岡奈央、本多裕之、清水一憲 骨格筋細胞の配向制御によるin vitro神経筋接合部モデルの開発 化学工学会第86年会(オンライン)
Mar/2021 本多裕之
口頭
依頼講演
本多裕之 ペプチドの新規送達戦略と配列機能解析 日本農芸化学会2021年度大会(オンライン)

その他
新聞報道 見出し「名大、天然ペプチド発見、血糖値安定に寄与、健康食品開発目指す」 日刊工業新聞 25面、2021年3月30日
プレスリリース 世界初!血糖値の安定化に安定化に寄与する天然ペプチドの発見 名古屋大学ホームページ 2021年3月31日

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2019

原著論文(Original Papers)

7.
Ando, T., Kato, R., Honda, H.: Identification of an early cell fate regulator by detecting dynamics in transcriptional heterogeneity and co-regulation during astrocyte differentiation, NPJ Systms Biology and Applications, 5, 18 (2019).

6.
Kurimoto, M., Shimizu, K., Ochi, H., Abe, F., Honda, H. Pep-MS assay: Protease hydrolysis assay system using photo-cleavable peptide array and mass spectrometer, Journal of Bioscience and Bioengineering, 128(2): 156-161 (2019)

5.
Imai, K., Shimizu, K., Honda, H.: OPredictive selection and evaluation of appropriate functional peptides for intestinal delivery with a porous silica gel, Journal of Bioscience and Bioengineering, 128(1): 44-49 (2019)

ペプチドの生理活性を保持しながらも、多孔性シリカゲル[Imai et al., Scientific Reports, 8, 10971 (2018)]
によって腸デリバリーできる量を向上させられるペプチドの設計手法の開発に成功した。

4.
Yamaoka, N., Shimizu, K., Imaizumi, Y., Ito, T., Okada, Y., Honda, H.: Open-Chamber Co-Culture Microdevices for Single-Cell Analysis of Skeletal Muscle Myotubes and Motor Neurons with Neuromuscular Junctions, BioChip Journal, 13(2): 127-132 (2019)

神経筋共培養系からの標的細胞の採取・解析を可能にするデバイスの開発に成功した。
神経筋疾患発症メカニズム解明のための共培養ツールとして応用が期待できる。

3.
Imai, K., Ikeda, A., Shimizu, K., Honda, H.: Selective elimination of bitter peptides by adsorption to heat-treated porous silica gel, Food Science and Technology Research, 25(2): 179-186 (2019)

我々が以前開発した、多孔性シリカゲル[Imai et al., Scientific Reports, 8, 10971 (2018)]を用いてタンパク質加水分解物を処理することで、苦みペプチドを選択的に除去でき、苦みの程度が低下することが味覚試験によって確認された。新たな食品前処理剤としての利用が期待できる。

2.
Ito, M., Shimizu, K., Honda, H.: Searching for high-binding peptides to bile acid for inhibition of intestinal cholesterol absorption using principal component analysis, Journal of Bioscience and Bioengineering, 127(3): 366-371 (2019)

4残基512配列の小規模ライブラリーから、主成分分析を用いて、胆汁酸に高結合となる、残基数の異なる配列を選択する方法を開発できた。

1.
Mizukami, Y., Takahashi, Y., Shimizu, K., Konishi, S., Takakura, Y., Nishikawa, M.: Regulation of the distribution of cells in mixed spheroids by altering migration direction, Tissue Engineering, Part A, 25(5-6): 390-398 (2019)

総説・解説(Review)
清水一憲, 川上茂 組織吸引デバイスによる生体組織変形をトリガーとする臓器への遺伝子導入技術 化学工学 83(7): 402-404 (2019)
清水一憲, 本多裕之 筋力測定マイクロデバイスを用いた培養骨格筋組織の構築と評価 HAB Newsletter 26(2)11-13 (2020)
清水一憲, 山岡奈央, 長島拓則, 今泉裕, 伊藤卓治, 岡田洋平, 本多裕之 インビトロ神経支配筋組織構築のためのマイクロデバイス 化学とマイクロ・ナノシステム 19(1): 11-14 (2020)

著書(Books)
小林 猛 (編集), 田谷 正仁 (編集) 本多 裕之 (著), 上平 正道 (著), 中島田 豊 (著), 境 慎司 (著), 清水 一憲 (著) 生物化学工学: バイオプロセスの基礎と応用 第2版 東京化学同人

発表(Presentations)2019.4-2020.3
 Date Presenter  Authors   Title Conference
Aug/2019 清水一憲
poster
清水一憲、山岡奈央、今泉裕、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之 運動神経支配された三次元培養筋組織構築のためのマイクロデバイスの開発 日本筋学会 第5回学術集会
古谷太樹
oral
古谷太樹、清水一憲、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之 疾患解明を目指したヒトiPS細胞由来神経筋接合モデルの機能評価法の開発 2019年度 日本生物工学会 中部支部例会
Sep/2019 Ikko KOZAKI Kozaki, I., Shimizu, K., Honda, H. Peptide array based synthetic method of hetero-dimeric peptides cross-linked by disulfide bond 7th Modern Solid Phase Peptide Synthesis and Its Applications Symposium
葛西晴郎
oral
葛西晴郎、清水一憲、長島拓則、古谷太樹、前川忠儀、山岡奈央、本多裕之 マイクロラインパターンを用いた筋管細胞の配向制御によるアセチルコリン受容体の凝集促進 第71回日本生物工学会大会
中村健人
oral
中村健人、清水一憲、山岡奈央、長島拓則、今泉裕、古谷太樹、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之 生体内細胞位置を模倣した三次元神経筋共培養マイクロデバイスの開発 第71回日本生物工学会大会
長島拓則
oral
次世代アニマルセルインダストリー研究部会 優秀学生発表賞
長島拓則、清水一憲、Stacy Hadiwidjaja、大隅早紀、本多裕之 ヒト不死化筋芽細胞株Hu5/KD3を用いた三次元骨格筋組織の構築 第71回日本生物工学会大会
小﨑一功
oral
小崎 一功、清水 一憲、本多 裕之 ジスルフィド架橋によるヘテロ二量体ペプチド合成法の開発と細胞内機能性ペプチド探索系への応用 第71回日本生物工学会大会
小﨑一功
oral
小崎一功、鈴木健弘、清水一憲、本多裕之 ペプチドアレイを利用した環状ペプチドの構造と配列の最適化 第71回日本生物工学会大会
  古谷太樹
oral
大会トピックスに選定
次世代アニマルセルインダストリー研究部会 優秀学生発表賞
古谷太樹、清水一憲、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之 共培養マイクロデバイスを搭載した微小電極アレイによるiPS由来運動神経・骨格筋細胞評価プロセスの開発 第71回日本生物工学会大会
  清水一憲
招待講演
清水一憲、藤田英明、長森英二、本多裕之 マイクロデバイスを用いたin vitro培養筋細胞・組織評価系の開発 第2回 筋スマート社会実現コンソーシアム 講演会
  Kazunori SHIMIZU 
oral
Shimizu, K., Yamaoka, N., Imaizumi, Y., Ito, T., Okada, Y., Honda, H. Development of a microdevice for fabricating in vitro innervated skeletal muscle tissues 18th Asian Pacific Confederation of Chemical Engineering Congress (APCChE 2019)
  清水一憲
poster
優秀研究賞
清水一憲、山岡奈央、長島拓則、今泉裕、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之 インビトロ神経支配筋組織構築のためのマイクロデバイス 化学とマイクロ・ナノシステム学会第40回研究会
  Kazunori SHIMIZU
poster
Shimizu, K., Yamaoka, N., Imaizumi, Y., Ito, T., Okada, Y., Honda, H. Biochips for Single-Cell Analysis of Skeletal Muscle Myotubes and Motor Neurons with Neuromuscular Junctions Young Asian Biological Engineers' Community (YABEC 2019)
Dec/2019 Kento IMAI
poster
Imai, K., Maihemuti, M., Shimizu, K., Nagaoka, S., Honda, H. Designs of functional peptides for oral intestinal delivery with a porous silica gel The 12th International Conference and Exhibition on Nutraceuticals and Functional Foods (ISNFF2019)
Dec/2019 清水一憲
依頼講演
清水一憲  再生医療・創薬のための生物工学技術の研究開発 テクノ・シンポジウム名大 in 長野 「工学のおもしろさを知ろう!」
Dec/2019 Kazunori SHIMIZU
依頼講演
Kazunori SHIMIZU Microdevices for drug development targetting neuromuscular disorders AJF Symposium: Exploiting technologies for personalised and precision medicine
Dec/2019 Kazunori SHIMIZU
依頼講演
Kazunori SHIMIZU Microdevices for drug development targetting neuromuscular disorders Bond University
Jan/2020 古谷太樹 古谷太樹、清水一憲、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之 区画化デバイスと微小電極アレイを用いたヒトiPS由来神経筋の共培養と評価 細胞アッセイ技術の現状と将来
Jan/2020 山本一貴 山本一貴、清水一憲、山岡奈央、長島拓則、今泉裕、古谷太樹、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之 神経筋疾患の解析と創薬のための三次元共培養デバイスの開発 細胞アッセイ技術の現状と将来
Jan/2020 今井健人 名古屋大学大学院工学研究科生命分子工学専攻生物化学工学研究室 消化抵抗性経口投与に適したコレステロール吸収阻害ペプチド 名古屋大学予防早期医療創成センター第9回ワークショップ
Mar/2020 伊藤雅子
poster
トリプシン加水分解で生じる単鎖ペプチドのコレステロールミセル崩壊活性 トリプシン加水分解で生じる単鎖ペプチドのコレステロールミセル崩壊活性 日本農芸化学会2020年度大会
Mar/2020  Kento IMAI
Poster
Imai, K., Shimizu, K., Honda, H. Designs of protease resistant cholesterol lowering peptides 2020 Sakura-Bio Meeting (Online)

その他
Journal cover Journal of Bioscience and Bioengineering Vol. 128 (2019)
Journal cover  化学工学 Vol. 83, No. 7, 2019
新聞報道 見出し「筋肉への信号伝達iPSで再現」  日経産業新聞  8面, 2020年2月26日 

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2018

原著論文(Original Papers)

6.
Nagashima, T., Shimizu, K., Matsumoto, R., Honda, H.: Selective Elimination of Human Induced Pluripotent Stem Cells Using Medium with High Concentration of L-Alanine, Scientific Reports, 8, 12427 (2018)

天然アミノ酸であるL-アラニンを高濃度に含有した培地を用いることで、再生医療の障害となる
未分化iPS細胞を選択的に除去することに成功した。

5.
Imai, K., Shimizu, K., Kamimura, M., Honda, H.: Interaction between porous silica gel microcarriers and peptides for oral administration of functional peptides, Scientific Reports, 8, 10971 (2018)

多孔性シリカゲルを用いた、機能性ペプチドの腸デリバリー法の開発に成功した。
中長鎖ペプチドの健康食品への応用が期待できる。

4.
Imai, Y., Yoshida, K., Matsumoto, M., Okada, M., Kanie, K., Shimizu, K., Honda, H., Kato, R.: In-process evaluation of culture errors using morphology-based image analysis
Regenerative Therapy 9:15-23 (2018)

3.
Hirokawa, Y., Kanesaki, Y., Arai, S., Saruta, F., Hayashihara, K., Murakami, A., Shimizu, K., Honda, H., Yoshikawa, H., Hanai, T.: Mutations responsible for alcohol tolerance in the mutant of Synechococcus elongatus PCC 7942 (SY1043) obtained by single-cell screening system
Journal of Bioscience and Bioengineering, 125(5): 572-577 (2018)

2.
Haraguchi, A., Fuchigami, Y., Kawaguchi, M., Fumoto, S., Ohyama, K., Shimizu, K., Hagimori, M., Kawakami, S.: Determining transgene expression characteristics using a suction device with multiple hole adjusting a left laterallobe of the mouse liver, Biological Pharmaceutical Bulletin, 41(6): 944-950 (2018)

1.
Tanaka, Y., Nishikawa, M., Mizukami, Y., Kusamori, K., Ogino, Y., Nishimura, S., Shimizu, K., Konishi, S., Yakahashi, Y., Takakura, Y.: Control of polarization and tumoricidal activity of macrophages by multicellular spheroid formation
Journal of Controlled Release, 28; 270: 177-183 (2018)

発表(Presentations)2018.4-2019.3
 Date Presenter  Authors   Title Conference
Aug/2018 吉原賢 吉原賢、弦間里歩、大隅早紀、清水一憲、本多裕之、柳本徹、善本亮、雪岡日出男 3次元培養システムを活用したin vitro筋機能評価への取り組み 日本筋学会第4回学術集会
  今井健人
poster&oral 
 今井健人、清水一憲、上村光浩、小川光輝、本多裕之  多孔性シリカゲルを用いたペプチド腸輸送と本法に適したペプチドの in silico 選抜と評価  日本食品科学工学会第65回大会
  池田彩
poster&oral
 池田彩、今井健人、清水一憲、上村光浩、小川光輝、本多裕之  焼成多孔性シリカゲルを用いたタンパク質加水分解物中苦味ペプチドの選択的除去  日本食品科学工学会第65回大会
Sep/2018 本多裕之
oral
 池田彩、今井健人、清水一憲、上村光浩、小川光輝、本多裕之  焼成多孔性シリカゲルを用いた苦味ペプチドの選択的除去手法の開発  第70回日本生物工学会大会
  今井健人
oral
大会トピックスに選定
 今井健人、清水一憲、上村光浩、小川光輝、本多裕之  多孔性シリカゲルを用いた機能性ペプチドの腸デリバリーに適したペプチドの in silico 設計と評価  第70回日本生物工学会大会
  山下春来
oral
 山下春来、藤谷将也、清水一憲、蟹江慧、加藤竜司、本多裕之  機械学習を用いた機能性ペプチド探索手法の開発  第70回日本生物工学会大会
  大隅早紀
oral
次世代アニマルセルインダストリー研究部会 優秀学生発表賞
 大隅早紀、清水一憲、吉原賢、本多裕之  ヒト三次元筋萎縮モデルを搭載した 96 ウェルプレートフォーマット収縮力評価系の開発  第70回日本生物工学会大会
   吉川真広
oral
 吉川真広、石原真以、清水一憲、鈴木宏昭、本多裕之  磁気細胞アレイ技術を用いたペクチン分解活性評価法の開発  第70回日本生物工学会大会
  栗本昌樹
oral
栗本昌樹、久保智里、清水一憲、越智浩、阿部文明、本多裕之 光切断性ペプチドアレイと質量分析計を組み合わせた新規アッセイ法による、2種プロテアーゼ間の切断同等性評価 第70回日本生物工学会大会
 Nov/2018 Imai Kento Imai. K., Shimizu, K., Kamimura, M., Ogawa, M., Honda, H.  Intestinal Delivery of Functional Peptides with Silica-gel for Application to Food Materials 10th International Peptide Symposium
  Ito Maasko Ito, M., Shimizu, K., Honda, H. Design of Bile Acid Binding Peptides for Inhibition of Intestinal Cholesterol Absorption Using Principal Component Analysis 10th International Peptide Symposium
 Dec/2018 Yamanaka Rio Yamanaka, Rio, Lee, Mi Hwa, Kanamoto, Yuki, Arai, Sayuri, Shimizu, Kazunori, Honda, Hiroyuki, Murakami, Akio Improvement of photobiocatalytic asymmetric reduction of the exogenous ketone by the alcohol-tolerant mutant of a cyanobacterium 第20回生体触媒化学シンポジウム
 Mar/2019 本多裕之 本多裕之, 清水一憲,加藤竜司,熊沢益徳 可食性タンパク質中の高機能ペプチドの探索 化学工学会第84回年会
  梁韵姿 梁韵姿,清水一憲,本多裕之
Latobacillus rhamnosus GGの凝集を促進するペプチドの探索 化学工学会第84回年会
  大隅早紀 大隅早紀,清水一憲,岸田綱郎,松田修,本多裕之 ダイレクトリプログラミングで誘導した筋芽細胞を用いた三次元組織の構築と機能評価 第18回日本再生医療学会総会
   山岡奈央 山岡奈央,清水一憲,今泉裕,伊藤卓治,岡田洋平,本多裕之 マイクロデバイスを用いたヒトiPS由来運動神経細胞と骨格筋細胞の三次元共培養 第18回日本再生医療学会総会
  Kozaki Ikko Kozaki, I., Shimizu, K., Honda, H. Development and evaluation of a heterodimeric peptide array system utilizing disulfide bond 2019 Sakura-Bio Meeting

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2017

原著論文(Original Papers)

15.
Yoko Kubo, Takahiro Imaizumi, Masahiko Ando, Masahiro Nakatochi, Yoshinari Yasuda, Hiroyuki Honda, Yachiyo Kuwatsuka, Sawako Kato, Kyoko Kikuchi, Takaaki Kondo, Masamitsu Iwata, Toru Nakashima, Hiroshi Yasui, Hideki Takamatsu, Hiroshi Okajima, Yasuko Yoshida, Shoichi Maruyama; Association between kidney function and genetic polymorphisms in atherosclerotic and chronic kidney diseases: A cross-sectional study in Japanese male workers
PLOS ONE, 12(10): e0185476 (2017)


14.
Nishikawa, T., Tanaka, Y., Kusamori, K., Mizuno, N., Mizukami, Y., Ogino, Y., Shimizu, K., Konishi, S., Takahashi, Y., Takakura, Y., Nishikawa, M.: Using size-controlled multicellular spheroids of murine adenocarcinoma cells for efficient establishment of pulmonary tumors in mice
Biotechnology Journal, 12(8) (2017)


13.
Takeshi Onoue, Motomitsu Goto, Tomoko Kobayashi, Takashi Tominaga, Masahiko Ando, Hiroyuki Honda, Yasuko Yoshida, Takahiro Tosaki, Hisashi Yokoi, Sawako Kato, Shoichi Maruyama and Hiroshi Arima; Randomized controlled trial for assessment of Internet of Things system to guide intensive glucose control in diabetes outpatients: Nagoya Health Navigator Study protocol
Nagoya Journal of Medical Science, 79, 323 - 329 (2017)


12.
Mina Okochi, Tomoya Sugita, Yuji Asai, Masayoshi Tanaka, Hiroyuki Honda: Screening of peptides associated with adhesion and aggregation of Lactobacillus rhamnosus GG in vitro
Biochemical Engineering Journal, 128, 178-185 (2017)


11.
Nishikawa T, Tanaka Y, Nishikawa M, Ogino Y, Kusamori K, Mizuno N, Mizukami Y, Shimizu K, Konishi S, Takahashi Y, Takakura Y.: Optimization of Albumin Secretion and Metabolic Activity of Cytochrome P450 1A1 of Human Hepatoblastoma HepG2 Cells in Multicellular Spheroids by Controlling Spheroid Size
Biological Pharmaceutical Bulletin, 40(3):334-338 (2017)

10.
Shimizu, S., Futase, A., Yokoyama, T., Ueda, S., Honda, H.: Reduction of FR900525 using an S-(2-aminoethyl) l-cysteine-resistant mutant
Journal of Bioscience and Bioengineering, 123(6), 685-691 (2017)

9.
Shimizu, K., Genma, R., Gotou, Y., Nagasaka, S., Honda, H.: Three-dimensional culture model of skeletal muscle tissue with atrophy induced by dexamethasone
Bioengineering, 4(2), 56 (2017)

三次元筋萎縮モデルの収縮力を指標とする薬剤評価系の開発に成功した。抗筋萎縮薬開発への応用が期待される。

8.
Fujitani, M., Huddin, N.S., Kawai, S., Kanie, K., Kiyota, Y., Shimizu, K., Honda, H., Kato, R.: Morphology-based non-invasive quantitative prediction of the differentiation status of neural stem cells
Journal of Bioscience and Bioengineering, 124(3), 351-358 (2017)

7.
Oyama, N., Fuchigami, Y., Fumoto, S., Sato, M., Hagimori M., Shimizu, K., Kawakami, S.: Characterization of transgene expression and pDNA distribution in the kidney by renal suction-mediated transfection method in mice
Drug Delivery, 24(1), 906-917 (2017)

6.
Sayuri Arai, Kayoko Hayashihara, Yuki Kanamoto, Kazunori Shimizu, Yasutaka Hirokawa, Taizo Hanai, Akio Murakami, Hiroyuki Honda: Alcohol-tolerant mutants of cyanobacterium Synechococcus elongatus PCC 7942 obtained by single-cell mutant screening system
Biotechnology and Bioengineering, 114(8), 1771-1778 (2017)

我々が以前開発した藍藻の液中孤立培養法[Arai et al., Biotechnology and Bioengineering, 113(1): 112-119 (2016)]を用いて、各種アルコールへの耐性が非常に高いSynechococcus elongatus PCC 7942 SY1043株の取得に成功した。本株は、バイオアルコール生産のための宿主としての利用が期待される。

5.
Ikko Kozaki, Kazunori Shimizu, Hiroyuki Honda: Effective modification of cell death-inducing intracellular peptides by means of a photo-cleavable peptide array-based screening system
Journal of Bioscience and Bioengineering, 124(2), 209-214 (2017)

以前開発した細胞内機能性ペプチド探索系[Matsumoto et al., Scientific Reports, 5: 12884 (2015)]を用いて、既報の細胞死誘導ペプチドを改変し、より細胞死活性の高いペプチドの取得に成功した。本探索系により、新規の細胞内機能性ペプチドの同定が可能であることを実証した。

4.
Nagasaka, R., Gotou, Y., Yoshida, K., Kanie, K., Shimizu, K., Honda, H., Kato, R.: Image-based cell quality evaluation to detect irregularities under same culture process of human induced pluripotent stem cells
Journal of Bioscience and Bioengineering, 123(5), 642-650 (2017)

3.
Akiko Kume, Shun Kawai, Ryuji Kato, Shinmei Iwata, Kazunori Shimizu, Hiroyuki Honda: Exploring high-affinity binding properties of octamer peptides by principal component analysis of tetramer peptides
Journal of Bioscience and Bioengineering, 123, 230-238 (2017)

2.
Imaizumi T, Ando M, Nakatochi M, Maruyama S, Yasuda Y, Honda H, Kuwatsuka Y, Kato S, Kondo T, Iwata M, Nakashima T, Yasui H, Takamatsu H, Okajima H, Yoshida Y, Matsuo S.:Association of interactions between dietary salt consumption and hypertension-susceptibility genetic polymorphisms with blood pressure among Japanese male workers.
Clinical and Experimental Nephrology, 21(3), 457-464 (2017)

1.
Takahiro Imaizumi, Masahiko Ando, Masahiro Nakatochi, Yoshinari Yasuda, Hiroyuki Honda, Yachiyo Kuwatsuka, Sawako Kato, Takaaki Kondo, Masamitsu Iwata, Toru Nakashima, Hiroshi Yasui, Hideki Takamatsu, Hiroshi Okajima, Yasuko Yoshida, Shoichi Maruyama.: Effect of dietary energy and polymorphisms in BRAP and GHRL on obesity and metabolic traits.
Obesity Research & Clinical Practice, In press


著書(Books)
清水一憲本多裕之 【第II編 血中循環腫瘍細胞(CTC)】第4章 磁気分離とサイズ選択によるCTC回収とオンフィーダー培養 リキッドバイオプシー―体液中腫瘍マーカーの検出・解析技術―、シーエムシー出版


発表(Presentations)2017.4-2018.3
 Date Presenter  Authors   Title Conference
May/2017 山岡奈央
poster
フラッシュ有
山岡奈央、清水一憲、今泉裕、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之 標的細胞の採取可能な神経筋接合部解析用デバイスの開発 化学とマイクロ・ナノシステム学会第35回研究会
(東京工業大学大岡山キャンパス)
June/2017 Ikko Kozaki
poster
Kozaki, I., Shimizu, K., Honda, H. Improvement of the activity of intracellular functional peptides using peptide array-based screening system American Peptide Symposium 2017
(Whistler, Canada)
July/2017 清水一憲
Oral
清水一憲 マイクロ・ナノテクノロジーを用いた細胞培養法の開発と応用 第64回創薬科学セミナー
(名古屋大学創薬科学研究館)
July/2017  小崎一功
Oral 
小崎一功  ペプチドアレイの利用による細胞内機能性ペプチドの評価系  日本生物工学会 セルプロセッシング計測評価研究部会 第9回 若手研究シンポジウム(ツネイシしまなみビレッジ)
 Sep/2017 清水一憲
Oral
招待講演 
清水一憲  マイクロ・ナノ技術を利用した細胞培養法の開発と応用 2017年度日本生物工学会 中部支部例会
  今井健人
Oral 
今井健人、清水一憲、本多裕之 機能性ペプチドの分解抵抗性経口投与法 2017年度日本生物工学会 中部支部例会
  清水一憲
Oral
清水一憲、本多裕之 創薬応用を目指した骨格筋細胞培養マイクロデバイスの開発 第69回日本生物工学会大会(早稲田大学)
  今井健人
poster
フラッシュ有
今井健人、清水一憲、上村光浩、小川光輝、本多裕之 多孔性担体を用いた機能性ペプチド腸輸送技術の開発 第69回日本生物工学会大会(早稲田大学)
  山岡奈央
poster
フラッシュ有
ポスター賞受賞
山岡奈央、清水一憲、今泉裕、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之 神経筋接合部解析のための細胞アッセイデバイスの開発 第69回日本生物工学会大会(早稲田大学)
  長島拓則
Oral&poster
大会トピックスに選定
ポスター賞受賞
長島拓則、清水一憲、松本凌、本多裕之 高濃度アミノ酸入り培地を用いた未分化ヒトiPS細胞の選択的細胞死 第69回日本生物工学会大会(早稲田大学)
  小崎一功
Oral&poster
飛翔賞
小崎一功、清水一憲、本多裕之 ペプチドアレイを用いた配列改変による細胞内機能性ペプチドの高活性化 第69回日本生物工学会大会(早稲田大学)
  栗本昌樹
poster
フラッシュ有
栗本昌樹、清水一憲、越智浩、阿部文明、本多裕之 光切断性ペプチドアレイと質量分析計の組み合わせによる配列網羅的なプロテアーゼ切断部位同定技術の開発 第69回日本生物工学会大会(早稲田大学)
  田添佳歩
poster
フラッシュ有
田添佳歩、清水一憲、本多裕之 ペプチドアレイを用いたプロテアーゼ切断部位評価技術の開発 化学工学会 第49回秋季大会(2017)(名古屋大学)
  長坂すみれ
poster
フラッシュ有
長坂すみれ、清水一憲、弦間里歩、後藤友規、本多裕之 3次元筋萎縮モデルの収縮力を指標とした薬剤評価系の開発 化学工学会 第49回秋季大会(2017)(名古屋大学)
  山下春来
poster
フラッシュ有
山下春来、藤谷将也、清水一憲、蟹江慧、加藤竜司、本多裕之 アミノ酸物性値を用いた多変量解析による機能性ペプチドの高活性化 化学工学会 第49回秋季大会(2017)(名古屋大学)
  本多裕之
Oral
本多裕之、小崎一功、清水一憲 細胞内透過性を付与した直鎖機能性ペプチドの探索と高活性化 化学工学会 第49回秋季大会(2017)(名古屋大学)
Oct/2017 清水一憲
Poster
Fire rapid presentation有
Shimizu, K., Genma, R., Goto, Y., Nagasaka, S., Honda, H. Fabrication of in vitro skeletal muscle atrophy model for drug screening Biofabrication 2017(Beijing, China)
  清水一憲
Keynote Lecutre
Shimizu, K. Biomicrodevices for in vitro skeletal muscle cell-based assays Young Asian Biological Engineers' Community (YABEC 2017)(Xi'an, China)
 Jan/2018 清水一憲
Poster
山岡奈央、清水一憲、今泉裕、伊藤卓治、岡田洋平、本多裕之 Neuromuscular Junction解析用マイクロチップの開発 シンポジウム:細胞アッセイ技術の現状と将来
  清水一憲
Poster
ショートトーク有
清水一憲、弦間里歩、後藤友規、長坂すみれ、本多裕之 筋萎縮モデルの収縮力を指標とした薬剤評価系の開発 名古屋大学 予防早期医療創成センター 第7回ワークショップ
 Mar/2018 長島拓則
poster
学生奨励賞受賞
長島拓則、清水一憲、松本凌、本多裕之 高濃度アミノ酸添加培地への耐性差による未分化ヒトiPSの選択的除去 化学工学会第83年会(関西大学千里山キャンパス)
  丁然 丁然、堀江正信、長坂すみれ、大隅早紀、清水 一憲、本多裕之、川本卓男 細胞と細胞外マトリックスの相互作用が筋分化と人工筋組織張力に与える影響 化学工学会第83年会(関西大学千里山キャンパス)
  長島拓則 長島拓則、清水一憲、松本凌、本多裕之 アミノ酸高濃度添加培地による未分化iPS細胞除去 第17回再生医療学会


その他
新聞報道 見出し「ALS 体外で再現 名古屋大 難病治療へ装置開発」 日経産業新聞 8面、2017年6月20日
 出展 ペプチドの腸送達を目指した分解抵抗性経口投与法 イノベーション・ジャパン2017  本多裕之
新聞報道 見出し「未成長iPS簡単排除」  日経産業新聞  8面、2017年10月23日 
新聞報道 見出し「アカデミアや企業、残存未分化iPS細胞の除去や検出技術を続々発表」   日経バイオテクONLINE  

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2016

原著論文(Original Papers)

15.

Taniguchi, Y., Kawakami, S., Fuchigami, Y., Oyama, N., Yamashita, F., Konishi, S., Shimizu, K., Hashida, M.: Optimization of renal transfection using a renal suction-mediated transfection method in mice.
Journal of Drug Targeting, 24(5): 450-456 (2016)


14.
Kusamori, K., Nishikawa, M., Mizuno, N., Nishikawa, T., Masuzawa, A., Tanaka, Y., Mizukami, Y., Shimizu, K., Konishi, S., Takahashi, Y., Takakura, Y.: Increased insulin secretion from insulin-secreting cells by construction of mixed multicellular spheroids.
Pharmaceutical Research, 33(1): 247-256 (2016)

13.
Shuhei Yamamoto, Kazunori Shimizu, Jiahui Fei, Hiroji Iwata, Mina Okochi, Hayao Nakanishi, and Hiroyuki Honda: Ex vivo culture of circulating tumor cells using magnetic force-based coculture on a fibroblast feeder layer
Biotechnology Journal, 11, 1433-1442 (2016)

磁性ナノ粒子と磁力、フィーダー細胞を用いて血中循環癌細胞(CTC)をex vivoで培養することに成功した。以前開発した磁性ナノ粒子と磁力を用いたCTC補足手法 [Bioprocess and Biosystems Engineering, 38(9): 1693-1704 (2015)] と合わせた、CTCの補足から培養までの一貫プロセスの構築に成功した。

12.
Rio Kurimoto, Kei Kanie, Naokazu Idota, Mitsuo Hara, Shusaku Nagano, Takehiko Tsukahara, Yuji Narita, Hiroyuki Honda, Ryuji Kato: Combinational Effect of Cell Adhesion Biomolecules and Their Immobilized Polymer Property to Enhance Cell-Selective Adhesion. 
International Journal of Polymer Science, Volume 2016 Article ID 2090985 (2016)

11.
Kei Kanie, Rio Kurimoto, Jing Tian, Katsumi Ebisawa, Yuji Narita, Hiroyuki Honda, Ryuji Kato: Screening of Osteogenic-Enhancing Short Peptides from BMPs for Biomimetic Material Applications.
Materials, 9(9), 730 (2016)

10.
Rio Kurimoto, Kei Kanie, Koichiro Uto, Shun Kawai, Mitsuo Hara, Shusaku Nagano,Yuji Narita, Hiroyuki Honda, Masanobu Naito, Mitsuhiro Ebara, Ryuji Kato: Combinational Effects of Polymer Viscoelasticity and Immobilized Peptides on Cell Adhesion to Cell-Selective Scaffolds.
Analytical Sciences, 32(11), 1195-1202 (2016)

9.
Kei Kanie, Yuto Kondo, Junki Owaki, Yurika Ikeda, Yuji Narita, Ryuji Kato, Hiroyuki Honda: Focused screening of ECM-selective adhesion peptides on cellulose-bound peptide microarrays.
Bioengineering, 3(4), 31 (2016)

8.
Ryuji Kato, Megumi Matsumoto, Hiroto Sasaki, Risako Joto, Mai Okada, Yurika Ikeda, Kei Kanie, Mika Suga, Masaki Kinehara, Kana Yanagihara, Yujung Liu, Kozue Uchio-Yamada, Takayuki Fukuda, Hiroaki Kii, Takayuki Uozumi, Hiroyuki Honda, Yasujiro Kiyota & Miho K Furue: Parametric analysis of colony morphology of non-labelled live human pluripotent stem cells for cell quality control
Scientific Reports, 6, 34009 (2016)

7.
Ryo Matsumoto, Kazunori Shimizu, Takunori Nagashima, Hiromasa Tanaka, Masaaki Mizuno, Fumitaka Kikkawa, Masaru Hori, Hiroyuki Honda: Plasma-Activated Medium Selectively Eliminates Undifferentiated Human Induced Pluripotent Stem Cells.
Regenerative Therapy, 5, 55-63 (2016)


プラズマ活性化培地を用いて未分化ヒトiPS細胞を選択的に死滅させることに成功した。iPS細胞を用いた移植治療の安全性向上への貢献が期待される。

6.
Kawai S, Sasaki H, Okada N, Kanie K, Yokoshima S, Fukuyama T, Honda H, Kato R.: Morphological Evaluation of Nonlabeled Cells to Detect Stimulation of Nerve Growth Factor Expression by Lyconadin B.
Journal of Biomolecular Screening, 21, 795-803 (2016).

5.
Hiroto Sasaki, Junko Enomoto, Yurika Ikeda, Hiroyuki Honda, Junji Fukuda, Ryuji Kato: Comparisons of cell culture medium using distribution of morphological features in microdevice.
Journal of Bioscience and Bioengineering, 121, 117-123 (2016)

4.
Hiroki Takanari, Keiko Miwa, XianMing Fu, Junichi Nakai, Akira Ito, Kousuke Ino, Hiroyuki Honda, Wataru Tonomura, Satoshi Konishi, Tobias Opthof, Marcel AG van der Heyden, Itsuo Kodama, Jong-Kook Lee: A new in vitro co-culture model using magnetic force-based nanotechnology.
Journal of Cellular Physiology, 2016 Feb 12. doi: 10.1002/jcp.25342.

3.
Mina Okochi
, Tomohiro Kamiya, Takeshi Omasa, Masayoshi Tanaka, Hiroyuki Honda: Rapid Colorimetric Antibody Detection Using a Dual-function Peptide Probe for Silver Nanoparticle Aggregation and Antibody Recognition.
Analytical Sciences, 32(1): 93-97 (2016)

2.
Akiko Kume
, Mina Okochi, Kazunori Shimizu, Yasuko Yoshida, Hiroyuki Honda: Development of a tactical screening method to investigate the characteristics of functional peptides.
Biotechnology and Bioprocess Engineering, 21(1): 119-127 (2016)


アミノ酸の特徴を元にペプチドをグループ分けすることで、効率よく機能性ペプチドを探索する手法を開発した。

1.
Sayuri Arai
, Mina Okochi, Kazunori Shimizu, Taizo Hanai, Hiroyuki Honda: A Single Cell Culture System Using Lectin-Conjugated Magnetite Nanoparticles and Magnetic Force to Screen Mutant Cyanobacteria.
Biotechnology and Bioengineering
, 113(1): 112-119 (2016)


藍藻外膜の糖鎖を認識するレクチン修飾磁性微粒子を用いたアレイ状孤立培養法を構築した。本手法では液体培地中で1細胞からのコロニー形成が可能であり、従来の寒天固体培養と比較して高いコロニー形成率を達成した。

総説・解説(Review)

清水一憲 骨格筋組織培養用マイクロ流体チップの開発 バイオサイエンスとインダストリー 74(3): 224-225 (2016)
小崎一功、本多裕之 機能性ペプチドの探索技術  ファインケミカル  45(9): 16-24 (2016) 
 清水一憲 これまでの道のりと細胞内機能性ペプチド探索技術の開発  Peptide Newsletter Japan  102: 8-11 (2016)

著書(Books)


発表(Presentations)2016.4-2017.3
 Date Presenter  Authors   Title Conference
Apr/2016 清水一憲
Poster
清水一憲、山本修平、本多裕之 磁気細胞マイクロパターニング法を用いたがん細胞の浸潤挙動解析法の開発 化学とマイクロ・ナノシステム学会第33回研究会
May/2016 清水一憲
Oral
受賞講演 
清水一憲  医薬品開発への応用を目指した骨格筋細胞の培養・評価技術の開発  東海化学工業会受賞記念講演会 
30/June/2016 清水一憲
Oral
依頼講演
清水一憲  マイクロデバイスを用いたin vivo核酸デリバリー技術の開発  第32回日本DDS学会学術集会
 July/2016 小崎一功
Poster
優秀ポスター賞
小崎一功、清水一憲、本多裕之  細胞内機能性ペプチド探索系を用いた高活性ペプチドの取得
生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナー2016
 Sep/2016 清水一憲
Oral 
清水一憲、本多裕之 骨格筋細胞・組織のオンチップ培養技術の開発と応用 化学工学会 第48回秋季大会
  小崎一功
Poster
小崎一功、清水一憲、本多裕之  ペプチドアレイを用いた高活性化細胞内機能性ペプチドの探索 化学工学会 第48回秋季大会
 Sep/2016 清水一憲
Poster 
清水一憲、山本修平、本多裕之  磁力を利用したin vitro三次元がんモデル:がん細胞浸潤挙動の半自動解析法の開発 第68回 日本生物工学会大会 
  弦間里歩
Poster
弦間里歩、清水一憲、後藤友規、本多裕之 筋収縮力測定マイクロデバイスの開発と筋萎縮モデルへの応用  第68回 日本生物工学会大会 
  長島拓則
Poster
優秀学生発表賞
長島拓則、清水一憲、松本凌、田中宏昌、水野正明、吉川史隆、堀勝、本多裕之   プラズマ照射活性化培地を用いた残存未分化ヒトiPS細胞の選択的除去  第68回 日本生物工学会大会  
  岩田晋明
Poster
岩田晋明、久米暁子、河合駿、加藤竜司、清水一憲、本多裕之  短鎖ペプチドの物理化学特徴に基づく長鎖機能性ペプチドの探索とデザイン  第68回 日本生物工学会大会 
  小崎一功
Poster 
小崎一功、清水一憲、松本凌、田邊智哉、本多裕之  切断リンカーを利用した細胞内機能性ペプチド探索系の確立  第68回 日本生物工学会大会 
  本多裕之
Oral
受賞講演  
本多裕之  短鎖ペプチドの新機能発現に関する研究  第68回 日本生物工学会大会  
 Oct/2016 清水一憲
Oral
招待講演
Shimizu, K., Honda, H. In vitro tissue models using microscale technologies for drug development 1st KIChE-SCEJ joint symposium, 2016 KIChE Autumn meeting
  新井小百合
Poster
Arai, S., Shimizu, K., Okochi, M., Hanai, T., Honda, H. Screening of Valuable Cyanobacteria Mutants Using Magnetic Force-Based Cell Patterning 17th International Biotechnology Symposium and Exhibition (IBS 2016)
  小崎一功
Poster 
Kozaki, I., Shimizu, K., Matsumoto, R., Okochi, M., Kanie, K., Kato, R., Honda, H. Development of a screening system for intracellular functional peptides using both peptide arrays and cell penetrating peptides Young Asian Biochemical Engineers' Community (YABEC 2016)
  清水一憲
Oral
招待講演
Shimizu, K., Matsumoto, R., Nagashima, T., Tanaka, H., Mizuno, M., Kikkawa, F., Hori, M, Honda, H. Selective elimination of undifferentiated human induced pluripotent stem cells using plasma-activated medium. Young Asian Biochemical Engineers' Community (YABEC 2016)
Dec/2016 清水一憲
Poster 
Shimizu, K., Yamamoto, S.,Honda, H.  In vitro 3D cancer models using magnetic force based co-culture: Quantitative semi-automated analysis of caner cell invasion  IEEE EMBS Micro and Nanoengineering in Medicine Conference 2016(MNM2016)
Jan/2017 清水一憲
Oral 
清水一憲 プラズマ活性溶液の再生医療応用 サイエンスの扉
サイエンスカフェ
  本多裕之
Oral 
本多裕之 POCT分析を目指したペプチド分子ビーコンの開発 名古屋大学 予防早期医療創成センター 第6回ワークショップ
  清水一憲
Poster
清水一憲、弦間里歩、後藤友規、本多裕之 三次元筋組織を用いたオンチップ筋萎縮モデルの開発 名古屋大学 予防早期医療創成センター 第6回ワークショップ
  弦間里歩
Poster
弦間里歩、清水一憲、後藤友規、本多裕之 収縮力測定可能な3次元細胞培養デバイスを用いた筋萎縮モデルの開発 シンポジウム:細胞アッセイ技術の現状と将来

その他
雑誌掲載 特集ページ
医療を支える人になる
東海の大学力 2017
p30-p31
朝日新聞出版
工学博士である本多教授が医療に関わる研究をすることになった経緯や本研究室の研究・様子が紹介されています。

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2015

原著論文(Original Papers)


9. Tatsuya Ando, Ryuji Kato, Hiroyuki Honda; Differential variability and correlation of gene expression identifies key genes involved in neuronal differentiation.
BMC Systems Biology, 9, 82 (2015)

8.
Mina Okochi, Tomoya Sugita, Masayoshi Tanaka, Hiroyuki Honda: A molecular peptide beacon for IgG detection.
RSC Advances, 5: 91988-91992 (2015)

7.
Mina Okochi, Masashi Kuboyama, Masayoshi Tanaka, Hiroyuki Honda: Design of a dual-function peptide probe as a binder of angiotensin II and an inducer of silver nanoparticle aggregation for use in label-free colorimetric assays.
Talanta, 142(1): 235-239 (2015)

6.
Ryo Matsumoto, Mina Okochi, Kazunori Shimizu, Kei Kanie, Ryuji Kato, Hiroyuki Honda: Effects of the properties of short peptides conjugated with cell-penetrating peptides on their internalization into cells.
Scientific Reports
, 5: 12884 (2015)


光切断性ペプチドアレイと細胞膜透過性ペプチド(CPP)を組み合わせ、細胞内機能性ペプチドの新探索系を構築した。本探索系にて様々な性質をもつペプチドの細胞内導入量を測定することで、実験なしで“導入したいペプチド”の細胞内導入傾向を予測できる手法の開発に成功した。

5.
Shuhei Yamamoto
, Jiahui Fei, Mina Okochi, Kazunori Shimizu, Akiko Yusa, Naoto Kondo, Hiroji Iwata, Hayao Nakanishi, Hiroyuki Honda: Efficient capturing of circulating tumor cells using a magnetic capture column and a size-selective filter.
Bioprocess and Biosystems Engineering
, 38(9): 1693-1704 (2015)

磁性微粒子による磁気捕捉とサイズ選択による捕捉を組み合わせ、血中循環癌細胞(CTC)を捕捉する手法を構築した。サイズ選択による捕捉のみと比べ、本手法ではin vitro, in vivo共に捕捉率が向上した。

4.
Shuhei Yamamoto, Mina Okochi, Kowichi Jimbow, Hiroyuki Honda: Three-dimensional magnetic cell array for evaluation of anti-proliferative effects of chemo-thermo treatment on cancer spheroids.
Biotechnology and Bioprocess Engineering
, 20: 488-497 (2015)


3.
Masahiro Nakatochi, Yasunori Ushida, Yoshinari Yasuda, Yasuko Yoshida, Shun Kawai, Ryuji Kato, Toru Nakashima, Masamitsu Iwata, Yachiyo Kuwatsuka, Masahiko Ando, Nobuyuki Hamajima, Takaaki Kondo, Hiroaki Oda, Mutsuharu Hayashi, Sawako Kato, Makoto Yamaguchi, Shoichi Maruyama, Seiichi Matsuo, and Hiroyuki Honda: Identification of an interaction between VWF rs7965413 and platelet count as a novel risk marker for metabolic syndrome: an extensive search of candidate polymorphisms in a case-control study,
PLoS ONE
, 10(2), e0117591 (2015)

2.
Kunihiro Ikuta, Hiroshi Urakawa, Eiji Kozawa, Shunsuke Hamada, Takehiro Ota, Ryuji Kato, Hiroyuki Honda, Takeshi Kobayashi, Naoki Ishiguro, and Yoshihiro Nishida: In vivo heat-stimulus-triggered osteogenesis,
International Journal of Hyperthermia
, 31(1), 58-66 (2015)

1.
Kazunori Shimizu
, Hiroyuki Araki, Kohei Sakata, Wataru Tonomura, Mitsuru Hashida, Satoshi Konishi: Microfluidic devices for construction of contractile skeletal muscle microtissues.
Journal of Bioscience and Bioengineering
, 119(2), 212-216 (2015)
マイクロ流体デイバスのマイクロ流路内部で電気刺激に応答して収縮するマイクロ骨格筋組織を構築した

総説・解説(Reviews)

山本修平, 大河内美奈, 本多裕之 磁性粒子を使った細胞工学~細胞機能評価への応用~ Magnetics Japan 10(3): 128-133 (2015)

著書(Books)


発表(Presentations)2015.4-2016.3

Date Presenter   Authors  Title  
2015年6月 清水 一憲 Shimizu, K., Yamamoto, S., Okochi, M., Honda, H. Analysis of Cell-Cell Interactions Using Magnetite Nanoparticles and Magnetic Force 7th International Symposium on Microchemistry and Microsystems
2015年6月 新井 小百合 Arai, S., Okochi, M., Shimizu, K., Hanai, T., Honda, H. A Single Cell Culture System for Cyanobacteria Using Magnetic Force-Based Cell patterning 7th International Symposium on Microchemistry and Microsystems
2015年7月  松本 凌 松本凌、清水一憲、大河内美奈、本多裕之  新規細胞内機能性ペプチド探索系の開発 ―CPP-ペプチド複合体の細胞内導入効率に対するペプチド配列の影響― 第31回日本DDS学会学術集会
2015年7月 新井 小百合 新井小百合、大河内美奈、清水一憲、花井泰三、本多裕之 藍藻変異株スクリーニングのためアレイ状孤立培養技術開発  生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナー2015
   小崎 一功 小崎一功、清水一憲、本多裕之 配列認識能を有する DNA結合ペプチドの探索 生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナー2015
   費 佳慧 費佳慧、山本修平、清水一憲、中西速夫、本多裕之 血中循環腫瘍細胞(CTC)由来株化細胞の機能解析 生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナー2015
2015年8月 本多 裕之 本多裕之 8年後のメタボ発症を予測して予防する 名古屋大学 予防早期医療創成センター 第5回ワークショップ
  清水 一憲 清水一憲 骨格筋組織オンチップの開発 名古屋大学 予防早期医療創成センター 第5回ワークショップ
  山本 修平 山本修平、本多裕之 磁性ナノ粒子を利用した血中循環腫瘍細胞(CTC)の効率的捕捉培養と機能解析 名古屋大学 予防早期医療創成センター 第5回ワークショップ
  山内 望  山内望、本多裕之 ミルクアレルギーの経口免疫療法を目指したエピトープペプチドの探索と利用 名古屋大学 予防早期医療創成センター 第5回ワークショップ
  清水 一憲 清水一憲、本多裕之 動く微小骨格筋組織を搭載したマイクロ流体チップの開発 名古屋大学 予防早期医療創成センター 第5回ワークショップ
2015年
9月
新井 小百合  新井小百合、清水一憲、本多裕之 藍藻変異株スクリーニングのための磁性微粒子を用いた1細胞孤立アレイ培養技術の開発  2015年度 日本生物工学会中部支部例会 
 2015年
10月
清水 一憲
Poster
Shimizu, K., Yamamoto, S., Okochi, M., Honda, H. Magnetic Micropatterning of Different Types of Cells for Analysing Their Interactions BMES2015(Annual meeting of Biomedical Engineering Society)
  山本 修平
Poster
山本修平、清水一憲、遊佐亜希子、近藤直人、岩田広治、中西速夫、本多裕之 Magnetic and size-selective separation for efficient capturing of circulating tumor cells (CTCs) 第74回日本癌学会学術総会
  清水 一憲
Poster
山本修平、清水一憲、森英樹、原正之、本多裕之 磁気細胞パターニング法を用いた神経幹細胞と筋管細胞の相互作用解析モデルの構築 第67回日本生物工学会大会
  新井 小百合
Poster
新井小百合、清水一憲、広川安孝、花井泰三、本多裕之 磁気細胞パターニングによる孤立培養技術を用いた藍藻有用変異株のスクリーニング 第67回日本生物工学会大会
  費 佳慧
Poster
費佳慧、山本修平、清水一憲、中西速夫、本多裕之 磁気捕捉とサイズ選択を併用した血中循環腫瘍細胞の捕捉と機能解析のための株化培養 第67回日本生物工学会大会
2015年11月
新井 小百合
Poster
Arai, S., Okochi, M., Shimizu, K., Hanai, T., Honda, H. Use of Lectin-Conjugated Magnetite Nanoparticles and Magnetic Force to screen Mutant Cyanobacteria in a Single Cell Culture System AIChE 2015 Annual meeting
  山本 修平
Oral
Yamamoto, S., Fei, J., Okochi, M., Shimizu, K., Yusa, A., Kondo, N., Iwata, H., Nakanishi, H., Honda, H. Efficient capturing of circulating tumor cells (CTCs) using a combined method of a size-selective filter and a magnetic capture column Asian Congress on Biotechnology 2015 (ACB2015)
  清水 一憲
Oral
Yamamoto, S., Shimizu, K., Okochi, M., Honda, H. Magnetic Force-based Cellular Micropatterning for Analysis of Cell-cell Interactions Asian Congress on Biotechnology 2015 (ACB2015)
2016年3月 清水 一憲
Oral
松本凌、清水一憲、長島拓則、田中宏昌、水野正明、吉川史隆、堀勝、本多裕之 プラズマ照射活性化培地による未分化ヒトiPS細胞除去技術の開発 化学工学会第81回年会
  松本 凌
Poster
松本凌、清水一憲、長島拓則、田中宏昌、水野正明、吉川史隆、堀勝、本多裕之 プラズマ照射活性化培地を用いた未分化ヒトiPS細胞の選択的死滅 第15回日本再生医療学会総会

その他(Others)

新聞報道 見出し「体液中のがん細胞検出」 日本経済新聞 15面、2015年12月21日
http://www.nikkei.com/article/DGXLZO95364750Q5A221C1TJM000/

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2014

原著論文(Original Papers)

Sayuri Arai, Mina Okochi, Taizo Hanai, Hiroyuki Honda: Micro-compartmentalized cultivation of cyanobacteria for mutant screening using glass slides with highly water-repellent mark.
Biotechnology Reports
, 4: 151-155 (2014)
ドデカンをオイルとして用いた藍藻の液滴培養系を構築した。CO2溶解度が高いドデカンによって培地へ のCO2供給を促進することで、増殖促進に成功した。本手法は寒天固体培養にかわる変異株スクリーニングのための有用ツールになると期待される。

Shuhei Yamamoto, Michael Masakuni Hotta, Mina Okochi, Hiroyuki Honda: Effect of vascular formed endothelial cell network on the invasive capacity of melanoma using the in vitro 3D co-culture patterning model.
PLoS ONE
, 9(7), e103502 (2014)
磁性微粒子を用いた3次元細胞パターニング技術を利用し、血管内皮ネットワーク近傍でのがん細胞の浸潤能変化を評価した。ネットワーク との距離に応じたがん細胞の浸潤能や悪性化関連遺伝子の発現量の評価に成功した。

Ukawa, M., Akita, H., Hayashi, Y., Ishiba, R., Tange, K., Arai, M., Kubo, K., Higuchi, Y., Shimizu, K., Konishi, S., Hashida, M., Harashima, H.: Neutralized nanoparticle composed of SS-cleavable and pH-activated lipid-like material as a long-lasting and liver-specific gene delivery system.
Advanced Healthcare Materials
, 3(8): 1222-1229 (2014)

Shimizu, K., Zhang, G., Kawakami, S., Taniguchi, Y., Hayashi, K., Hashida, M., Konishi, S.: Liver suction-mediated transfection in mice using a pressure-controlled computer system.
Biological Pharmaceutical Bulletin
, 37(4): 569-575 (2014) , Highlighted paper selected by Editor-in-Chief

Hiroto Sasaki, Ichiro Takeuchi, Mai Okada, Rumi Sawada, Kei Kanie, Yasujiro Kiyota, Hiroyuki Honda, Ryuji Kato: Label-Free Morphology-Based Prediction of Multiple Differentiation Potentials of Human Mesenchymal StemCells for Early Evaluation of Intact Cells,
PLOS ONE
, 9(4), e93952(2014)

Hisayuki Sugiura, Noriyasu Okazaki, Toshimi Sugiura, Hiroyuki Honda, Mina Okochi; Degranulation of basophilic leukemia cells on branched-chain peptide array with an OVA-DNP double epitope.
Biochemical Engineering Journal
, 87, 8?14 (2014)

Tomoya Sugita, Mina Okochi, and Hiroyuki Honda, Design of Quenching Peptide Probes Incorporating Tryptophan for Rapid IgG Detection,
Chemistry Letters
, 43(4), 550?552 (2014)

Fumiko Matsuoka, Ichiro Takeuchi, Hideki Agata, Hideaki Kagami, Hirofumi Shiono, Yasujiro Kiyota, Hiroyuki Honda, Ryuji Kato: Characterization of Time-Course Morphological Features for Efficient Prediction of Osteogenic Potential in Human Mesenchymal Stem Cells,
Biotechnology and Bioengineering
, doi/10.1002/bit.25189, 2014

総説・解説(Reviews)
清水一憲, 小西聡, 田谷正仁 培養細胞・組織への機械刺激負荷マイクロデバイス 生物工学会誌 92(4): 157-160 (2014)

著書(Books)
清水一憲, 小西聡 第2章第8節 電気的・機械的刺激による細胞培養を成功させる技術 [4] 培養細胞への伸展刺激負荷装置 動物細胞培養の手法と細胞死・増殖不良・細胞変異を防止する技術 288-291(2014)
 本多裕之(編集委員)    「化学便覧 応用化学編 第7版」  日本化学会編(2014年)

発表(Presentations)


2014年7月 松本 凌 松本 凌、大内美奈、本多裕之 細胞内機能性ペプチド探索のためのCPP結合ペプチドライブラリーの作成 生物工学若手研究者の集い(若手会)夏のセミナー
2014年8月 荻原沙緒理 荻原沙緒理、伊藤浩明、大河内美奈、本多裕之 ペプチドアレイを用いた減感作療法患者のエピトープ解析によるアレルギー治療予測 第46回若手ペプチド夏の勉強会
山内 望 山内 望、荻原沙緒理、大河内美奈、本多裕之 ミルクアレルギーマウスの作製とエピトープ解析 第46回若手ペプチド夏の勉強会
2014年9月 佐々木寛人 佐々木 寛人 、 高橋 厚妃、 澤田 留美 、 蟹江 慧、清田 泰次郎 、 本多 裕之、 加藤 竜司 間葉系幹細胞の継代培養による品質劣化診断に向けた遺伝子発現解析 第66回日本生物工学会大会
山本修平 山本修平、大河内美奈、本多裕之、 磁気細胞パターニング法を用いたがん細胞の血管内皮細胞近傍での浸潤挙動及び遺伝子発現解析 第66回日本生物工学会大会
新井小百合 新井小百合、大河内美奈、花井泰三、本多裕之 レクチン修飾磁性微粒子を用いた藍藻のアレイ状孤立培養技術の開発 第66回日本生物工学会大会
松本 凌 松本 凌、大内美奈、本多裕之 ペプチド探索のためのCPP結合ペプチドライブラリーの作成 第66回日本生物工学会大会
山内 望 山内 望、荻原沙緒理、大河内美奈、本多裕之 エピトープペプチドを用いたミルクアレルギー抑制効果 第66回日本生物工学会大会
2014年11月 山本修平 Shuhei Yamamoto, Mina Okochi and Hiroyuki Honda Magnetic force-based 3D cell patterning for observation of invasive capacity of cancer cells co-cultured with vascular endothelial cell network YABEC2014
清水一憲 Kazunori Shimizu, Guangyuan Zhang, Shigeru Kawakami, Yota Taniguchi, Kouji Hayashi, Mitsuru Hashida and Satoshi Konishi In vivo Tissue Suction-Mediated Transfection Method in Mice Using a Computer System for Controlling Suction Pressure Conditions YABEC2014
清水一憲 Kazunori Shimizu, Guangyuan Zhang, Shigeru Kawakami, Yota Taniguchi,Kouji Hayashi, Mitsuru Hashida, Satoshi Konishi Gene Delivery in Mice by Computer-assisted Tissue Suction JAACT2014
2014年12月 山本修平 Shuhei Yamamoto, Mina Okochi, Hiroyuki Honda Effect on invasive capacity of cancer cell spheroid co-cultured with vascular endothelial cell network using in vitro 3D patterning model MNM2014
2015年1月 山本修平 山本修平、大河内美奈、清水一憲、本多裕之 磁気細胞パターニング法を用いた細胞の配置制御による異種細胞間相互作用解析モデルの構築 シンポジウム~細胞アッセイ技術の現状と将来~
2015年3月 久米暁子 久米暁子、大河内美奈、清水一憲、本多裕之 ペプチドアレイを用いたサイトカイン結合ペプチドの結合配列ルールの解析 化学工学会第80回年会
魚井清香 魚井清香、清水一憲、本多裕之 親和性ペプチドを利用した機能性ペプチドの分解阻害 化学工学会第80回年会

その他(Others)
清水一憲, 山田真澄, 関実 特集に寄せて(特集:マイクロバイオ技術の潮流と展望~動物細胞の培養・計測・評価技術への応用~) 生物工学会誌 92(4): 152 (2014)

2013年度以前(2012.4~2014.3)

代表的な著書

生物化学工学 (応用生命科学シリーズ No.8、東京化学同人)小林猛・本多裕之
生物工学序論 (講談社) 佐田榮三・小林猛・本多裕之

論文(過去3年分)

317) Shin Hibino, Norihiro Ueda, Mitsuru Horiba, Kenji Yasui, Yuusuke Kagamihara, Shuji Funahashi, Kaichiro Kamiya, Hiroyuki Honda: Detection of QT Prolongation Through Approximation of the T Wave on Gaussian Mixture Modeling, Circulation Journal, 77, 2728-2735 (2013)

316) Hiro Takahashi, Robert Nakayama, Shuhei Hayashi, Takeshi Nemoto, Yasuyuki Murase, Koji Nomura, Teruyoshi Takahashi, Kenji Kubo, Shigetaka Marui, Koji Yasuhara, Tetsuro Nakamura, Takuya Sueo, Anna Takahashi, Kaname Tsutsumiuchi, Tsutomu Ohta, Akira Kawai, Shintaro Sugita, Shinjiro Yamamoto, Takeshi Kobayashi, Hiroyuki Honda, Teruhiko Yoshida, Tadashi Hasegawa: Macrophage migration inhibitory factor and stearoyl-CoA desaturase 1: Potential prognostic markers for soft tissue sarcomas based on bioinformatics analyses, PLOS ONE, 8(10), e78250. doi: 10.1371/journal.pone.0078250 (2013)

315) Tomoya Sugita, Makoto Katayama, Mina Okochi, Takamitsu Ichihara, Ryuji Kato, and Hiroyuki Honda: Screening of peptide ligands that bind to the Fc region of IgG using peptide array and its application to affinity purification of antibody. Biochemical Engineering Journal, 79, 33-40 (2013)

314) Mina Okochi, Taku Matsumura, and Hiroyuki Honda: Magnetic force-based cell patterning for evaluation of the effect of stromal fibroblasts on invasive capacity in 3D cultures. Biosensors and Bioelectronics 42, 300?307 (2013)

313) Fumiko Matsuoka, Ichiro Takeuchi, Hideki Agata, Hideaki Kagami, Hirofumi Shiono, Yasujiro Kiyota, Hiroyuki Honda, Ryuji Kato: Morphology-Based Prediction of Osteogenic Differentiation Potential of Human Mesenchymal Stem Cells. PLoS ONE 8(2): e55082. doi:10.1371/journal.pone.0055082 (2013)

312) Tetsutaro Kito, Rei Shibata, Masakazu Ishii, Hirohiko Suzuki, Tatsuhito Himeno, Yoshiyuki Kataoka, Yumiko Yamamura, Takashi Yamamoto, Naomi Nishio, Sachiko Ito, Yasushi Numaguchi, Tohru Tanigawa, Jun K Yamashita, Noriyuki Ouchi, Hiroyuki Honda, Kenichi Isobe and Toyoaki Murohara: iPS cell sheets created by a novel magnetite tissue engineering method for reparative angiogenesis, Scientific Reports, 3, 1418 doi:10.1038/srep01418 (2013)

311) Hiroto Sasaki, Fumiko Matsuoka, Wakana Yamamoto, Kenji Kojima, Hiroyuki Honda and Ryuji Kato: Image-Based Cell Quality Assessment: Modeling of Cell Morphology and Quality for Clinical Cell Therapy, Tissue Engineering and Biomaterials, 10, 207?226 (2013)

310) Mina Okochi, Taku Matsumura, Shuhei Yamamoto, Eiichi Nakayama, Kowichi Jimbow, Hiroyuki Honda: Cell Behavior Observation and Gene Expression Analysis of Melanoma Associated with Stromal Fibroblasts in a Three-Dimensional Magnetic Cell Culture Array, Biotechnology Progress, 29(1), 135-142 (2013)

309) 中杤昌弘、片山真、加藤竜司、大河内美奈、高瀬智和、吉田安子、川瀬三雄、本多裕之;全網羅ミルクペプチドアレイを用いたアレルギー診断ペプチド探索への分布関数解析法の応用、化学工学論文集、39(1), 40-45 (2013)

308) Yasunori Ushida, Ryuji Kato, Kosuke Niwa, Daisuke Tanimura, Hideo Izawa, Kenji Yasui, Tomokazu Takase, Yasuko Yoshida, Mitsuo Kawase, Tsutomu Yoshida, Toyoaki Murohara, Hiroyuki Honda: Combinational risk factors of metabolic syndrome from health check-up data identified by Fuzzy neural network, BMC Medical Informatics and Decision Making, 12, 80 (2012) doi:10.1186/1472-6947-12-80. 7.

307) Yuji Asai, Tomoya Sugita, Ryuji Kato, Mina Okochi, Kyuya Nakagawa, and Hiroyuki Honda: Enhancement of the Activity of a Lactobacilli- Aggregating Peptide by Freezing Treatment, Journal of Chemical Engineering, Japan, 48(8), 609-614 (2012)

306) Yasue Ishii-Osai, Toshiharu Yamashita, Yasuaki Tamura, Noriyuki Sato, Akira Ito, Hiroyuki Honda, Kazumasa Wakamatsu, Shosuke Ito, Eiichi Nakayama, Masae Okura and Kowichi Jimbow: N-propionyl-4-S-cysteaminylphenol induces apoptosis in B16F1 cells and mediates tumor-specific T-cell immune responses in a mouse melanoma model, Journal of Dermatological Science, 67(1), 51-60 (2012)

305) Shosuke Ito, Akira Nishigaki, Yasue Ishii-Osai, Makoto Ojika, Kazumasa Wakamatsu,Toshiharu Yamashita, Yasuaki Tamura, Akira Ito, Hiroyuki Honda, Eiichi Nakayama, Kowichi Jimbow: Mechanism of putative neo-antigen formation from N-propionyl-4-Scysteaminylphenol,a tyrosinase substrate, in melanoma models, Biochemical Pharmacology, 84(5), 646-653 (2012)

304) Masashi Kuboyama, Ryuji Kato, Mina Okochi, Hiroyuki Honda: Screening for silver nanoparticle-binding peptides by using a peptide array, Biochemical Engineering Journal, 66, 73? 77 (2012)

303) Ryuji Kato, Chiaki Kaga, Kei Kanie, Mitoshi Kunimatsu, Mina Okochi and Hiroyuki Honda: Peptide Array-Based Peptide-Cell Interaction Analysis, Mini-reviews in organic chemistry, 8(2), 171-177 (2011)

302) Kowichi Jimbow, Yasuaki Tamura, Akihiro Yoneta, Takafumi Kamiya, Ichiro Ono, Toshiharu Yamashita, Akira Ito, Hiroyuki Honda, Kazumasa Wakamatsu, Shosuke Ito, Satoshi Nohara, Eiichi Nakayama and Takeshi Kobayashi: Conjugation of Magnetite Nanoparticles with Melanogenesis Substrate, NPrCAP Provides Melanoma Targeted, in Situ Peptide Vaccine Immunotherapy through HSP Production by Chemo-Thermotherapy. Journal of Biomaterials and Nanobiotechnology, 3, 140-153 (2012)

301) Kei Kanie, Yuji Narita, Junki Owaki, Yingzi Zhao, Fumiaki Kuwabara, Makoto Satake, Susumu Honda, Hiroaki Kaneko, Tomohiko Yoshioka, Mina Okochi, Hiroyuki Honda, Ryuji Kato, Collagen type IV-specific tripeptides for selective adhesion of endothelial and smooth muscle cells, Biotechnology and Bioengineering, 109(7), 1808-1816 (2012)

300) Takashi Ochiai, Tomoya Sugita, Ryuji Kato, Mina Okochi, and Hiroyuki Honda: Screening of an α-Amylase Inhibitor Peptide by Photolinker?Peptide Array, Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, 76(4), 819-824 (2012)

299) Mina Okochi, Yuki Sakai, Yayoi Isaji, Hiroshi Nagasaki, Yoji Hamada, Hiroyuki Honda : Personalized assessment of oxidative cellular damages associated with diabetes using the erythrocytes adhesion assay, Journal of Bioscience and Bioengineering, 112(6), 635-637 (2011)

298) 片山真、杉田智哉、加藤竜司、大河内美奈、松島充代子、川部勤、高瀬智和、吉田安子、川瀬三雄、本多裕之:ミルクタンパク質全網羅ペプチドアレイを用いたIgG結合ペプチドの探索、化学工学論文集、37、546-550, (2011)

297) Mituhiro Shikida, Noriyuki Inagaku, Mina Okochi, Hiroyuki Honda, Kazuo Sato : Fabrication of a pen-shaped portable biochemical reaction system based on magnetic bead manipulation, Journal of Micromechanics and Microengineering, 21(2011)067006(7pp)

296) M. Shikida, N. Inagaki, M. Okochi, H. Honda, K. Sato : Droplet introduction into a pen-shaped portable reaction system by gravity and interfacial forces, Micro & Nano Letters, 6(4), 253-256(2011)

295) Toshikazu Takeshita, Mina Okochi, Ryuji Kato, Chiaki Kaga, Yasuyuki Tomita, Satoshi Nagaoka, Hiroyuki Honda : Screening of peptides with a high affinity to bile acids using peptide arrays and a computational analysis., Journal of Bioscience and Bioengineering, 112(1), 92-97 (2011)

294) Nakatochi M, Miyata S, Tanimura D, Izawa H, Asano H, Murase Y, Kato R, Ichihara S, Naruse K, Matsubara T, Honda H, Yokota M : The ratio of adiponectin to homeostasis model assessment of insulin resistance is a powerful index of each component of metabolic syndrome in an aged Japanese population: Results from the KING Study., Diabetes Research and Clinical Practice. 92(3):e61-65 (2011)

293) Mizutani T, Tadauchi A, Arinobe M, Narita Y, Kato R, Niwa Y, Ohmiya N, Itoh A, Hirooka Y, Honda H, Ueda M, Goto H : Novel strategy for prevention of esophageal stricture after endoscopic surgery. Hepatogastroenterology. 57(102-103), 1150-1156 (2011)

292) Kei Kanie, Ryuji Kato, Yingzi Zhao, Yuji Narita, Mina Okochi, Hiroyuki Honda: Amino acid sequence preferences to control cell-specific organization of endothelial cells, smooth muscle cells, and fibroblasts, Journal of Peptide Science, 17(6), 479-486 (2011)

291) Tomoaki Takada, Toshiharu Yamashita, Makito Sato, Akiko Sato, Ichiro Ono, Yasuaki Tamura, Noriyuki Sato, Atsushi Miyamoto, Akira Ito, Hiroyuki Honda, KazumasaWakamatsu, Shosuke Ito and Kowichi Jimbow: Growth Inhibition of Re-Challenge B16Melanoma Transplant by Conjugates of Melanogenesis Substrate and Magnetite Nanoparticles as the Basis for Developing Melanoma-Targeted Chemo-Thermo-Immunotherapy, Journal of Biomedicine and Biotechnology, 2009 (2009) doi:10.1155/2009/457936

290) Katsumi Ebisawa, Ryuji Kato, Mai Okada, Tomotaka Sugimura, Mazlyzam Abdul Latif, Yusuke Hori, Yuji Narita, Minoru Ueda, Hiroyuki Honda and Hideaki Kagami: Gingival and dermal fibroblasts: Their similarities and differences revealed from gene expression, Journal of Bioscience and Bioengineering, 111(3), 255-258 (2011)

その他執筆(過去3年)

89)   大河内美奈、本多裕之:磁性ナノ粒子を利用した細胞の挙動解析、化学センサ,29(3),93-99(2013)

88)   蟹江 慧、加藤竜司、桑原史郎、成田裕司、本多裕之:再生促進型医療材料開発のための細胞選択的接着ペプチドの探索と応用、生体医工学,51(3),202-206(2013)

87)   大河内美奈、本多裕之:磁力制御による一細胞解析、生体医工学,51(3),197-201(2013)


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